Asosiy farq – Exome va Transkriptom
Genda kodlovchi va kodlanmagan hududlar mavjud. Kodlash ketma-ketliklari ekzonlar, kodlanmagan ketma-ketliklar esa intronlar deb nomlanadi. Gen ekzonlarining nukleotidlar ketma-ketligi o'ziga xos oqsilni sintez qilish uchun genning genetik kodini ifodalaydi. Demak, ekzonlar mRNK molekulasida qoladi. Genomning umumiy ekson hududi ekzom deb nomlanadi va u genomning muhim qismidir. Genlarning genetik kodi oqsil ishlab chiqarish uchun zarur bo'lgan mRNK molekulasining genetik kodiga aylanadi. Hujayra yoki hujayra populyatsiyasida bir vaqtning o'zida transkripsiya qilingan barcha mRNK molekulalari transkriptom deb nomlanadi. Ekzoma va transkriptom o'rtasidagi asosiy farq shundaki, ekzoma genomning ekzon hududlari ketma-ketligini, transkriptoma esa ma'lum bir vaqtda hujayra yoki to'qimalarning umumiy mRNKsini ifodalaydi.
Exome nima?
Genlar ekzonlar, intronlar va tartibga soluvchi ketma-ketliklardan iborat. Ekzonlar - bu transkripsiya paytida mRNK ketma-ketligiga transkripsiya qilinadigan gen hududlari. Transkripsiya paytida intronlar va boshqa kodlanmagan hududlar olib tashlanadi. Eksonlarning nukleotidlar ketma-ketligi o'zi kodlagan maxsus oqsilni sintez qiladigan genning genetik kodini aniqlaydi. Proteinning mRNK tarkibida faqat ekzonlar qoladi. Genomdagi ekzonlar to'plami organizmning ekzomasi deb nomlanadi. U genlarda ifodalangan genomning bir qismini ifodalaydi. Odamlarda ekzoma genomning 1% ni tashkil qiladi. Bu inson genomining oqsil kodlovchi qismidir.
01-rasm: Exome
Transkriptoma nima?
Transkriptoma ma'lum bir to'qimadagi barcha oqsillarni kodlaydigan va kodlamaydigan transkriptlarning (RNK) to'plamidir. Transkriptoma hujayra yoki to'qimadagi genlar tomonidan ifodalangan umumiy mRNK molekulalarining to'plamini ifodalaydi. Hujayra transkriptomasi boshqa hujayra tipidagi transkriptom bilan o'zgarishi mumkin. Transkriptom ham dinamikdir - u ichki va tashqi ogohlantirishlarga javoban vaqt o'tishi bilan o'zgaradi. Hatto bir xil to‘qima yoki bir xil hujayra ichida ham transkriptoma bir necha daqiqadan so‘ng o‘zgarishi mumkin.
Transkriptom organizm ekzomasidan farq qiladi. Transkriptom faqat ifodalangan ekzoma ketma-ketliklarini o'z ichiga oladi. Hujayra ekzomasi bir xil bo'lib qolsa ham, transkriptom hujayralar orasida farq qiladi, chunki gen ifodasi barcha hujayralar yoki to'qimalar uchun bir xil emas. Turli hujayralar va to'qimalarda faqat muhim genlar ifodalanadi. Gen ifodasi to'qima yoki hujayra turiga xos jarayondir. Bu turli omillar, shu jumladan atrof-muhit omillari bilan tartibga solinadi. Shuning uchun transkriptom tashqi muhit sharoitlariga qarab farq qilishi mumkin.
Transkriptom proteomika tadqiqotlari uchun kashshof sifatida ishlatiladi. Barcha oqsillar mRNK ketma-ketligidan olingan. Tarjimaviy modifikatsiyalar oqsillarning o'zgarishiga olib kelishi mumkin. Biroq, transkriptom proteomik tadqiqotlar uchun muhim asosiy ma'lumotlarni beradi.
02-rasm: Embrion ildiz hujayralarining transkriptomasi
Exome va Transkriptom o'rtasidagi farq nima?
Exome va Transkriptom |
|
| Exome - bu genlarning oqsil kodlovchi hududi to'plami. | Transkriptoma barcha transkripsiyalangan RNK, shu jumladan mRNK toʻplamidir. |
| Namuna | |
| Ekzoma DNK namunasi yordamida oʻrganiladi. | Transkriptom RNK namunasi yordamida oʻrganiladi. |
| O'rganish usuli | |
| To'liq ekzoma ketma-ketligi ekzomani o'rganish usulidir. | RNK ketma-ketligi transkriptomani oʻrganish usulidir. |
Xulosa – Exome va Transkriptom
Eksonlar genlarning kodlash ketma-ketligidir va oqsillarning mRNK ketma-ketligini aniqlaydi. Ushbu kodlash ketma-ketliklari (eksonlar) to'plami organizmning ekzomasi deb nomlanadi. Genlar oqsillarni hosil qilishdan oldin mRNK molekulalariga transkripsiya qilinadi. Har qanday vaqtda hujayra yoki to'qimalarning umumiy mRNK molekulalari transkriptom deb nomlanadi. Transkriptoma har qanday vaqtda mRNKda faol ravishda ifodalanadigan genlarni ifodalaydi. Transkriptoma hujayra va to'qimalarga xos bo'lib, atrof-muhit sharoitlariga ta'sir qiladi. Bu ekzoma va transkriptoma o'rtasidagi farq.
