Asosiy farq – PCR primerlari va ketma-ketlik primerlari
Molekulyar biologiya sohasidagi so'nggi o'zgarishlar bilan turli xil genetik texnikalar ishlab chiqildi, bu mavzuning turli yo'llarini tekshirish jarayonlarini oson va aniq qildi. PCR va boshqa ketma-ketlik protseduralari ikkita muhim texnikadir. Ular turli xil subkomponentlardan foydalanadilar. Primerlar PCR va Sequencing texnikasi uchun umumiy bo'lgan asosiy subkomponent sifatida qabul qilinadi. PCR primerlari ma'lum bir DNK ketma-ketligini kuchaytirish uchun ishlatiladi, ketma-ketlik primerlari esa nukleotidlar ketma-ketligining o'ziga xos tartibini aniqlash maqsadida DNK fragmentini ketma-ketlashtirish kontekstida ishlatiladi. Bu PCR primerlari va ketma-ketlik primerlari o'rtasidagi asosiy farq.
PCR primerlari nima?
Polimeraza zanjiri reaktsiyasi (PCR) molekulyar biologiya sohasida ma'lum bir DNK segmentining bir yoki bir nechta nusxalarini ko'paytirish va millionlab bir xil nusxalarni olish uchun qo'llaniladigan genetik usuldir. PCR reaktsiyasida turli komponentlar, shu jumladan primerlar qo'llaniladi. Primerlar nukleotid uzunligi 18-25 bo'lgan qisqa DNK zanjirlari bo'lib, ularni kuchaytirilishi kerak bo'lgan DNK bo'laklarining boshi va oxiri bilan moslashtiradi. Astarlar oldinga va teskari astar bo'lishi mumkin. Bu primerlar DNK fragmentiga o'ziga xos nuqtalarda bog'lanadi, bu erda DNK polimeraza o'sha joydagi o'ziga xos primer bilan bog'lanadi va yangi DNK zanjiri sintezini boshlaydi.
Primerlarni tanlash PCR jarayonining muhim jihati hisoblanadi. Astarning uzunligini tanlash muhimdir. Ideal uzunlik 18-25 nukleotid bo'ladi. Agar uzunlik juda qisqa yoki juda uzun bo'lsa, primerlar aniq kuchaytirilishi uchun DNK ketma-ketligiga bog'lanmaydi. Uzunligi juda qisqa bo'lgan primerlar DNK ketma-ketligining turli joylarida o'ziga xos bo'lmagan primer tavlanishiga olib keladi.
01-rasm: PCR primerlari
Yaxshi primerdagi guanin va sitozin (GC) miqdori 40-60 oralig'ida bo'lishi kerak. Primerni yumshatish harorati va erish harorati PCR paytida muhim omillardir. Erish harorati aniq hisoblanishi kerak va primerning tavlanish harorati erish haroratidan 5 0C past bo'lishi kerak. Eritma harorati 60 °C va 75 °C bo'lishi kerak. Juda yuqori yoki juda past harorat DNK polimeraza faolligining pasayishiga olib keladi.
Sequencing Primerlar nima?
Sequencing primerlari DNK fragmentini oʻziga xos identifikatorini aniqlash maqsadida sekvensiyalash kontekstida qoʻllaniladi. Yaxshi ketma-ketlik natijalarini olish uchun yuqori sifatli astarlar va shablonlar muhim ahamiyatga ega. Shunday qilib, primerlar tanlanganda, ular biz ketma-ket joylashtirmoqchi bo'lgan muayyan hududga xos bo'lishi kerak. Shuningdek, u to'g'ri yo'nalishda bo'lishi kerak, bu erda ketma-ketliklar odatda primerlarning 3' dan 5' uchlarigacha hosil bo'ladi. Ketma-ketlikda istalmagan o'z-o'zini duragaylash bo'lmasligi kerak, masalan, soch turmagi ilmoqlarining shakllanishi. U ketma-ket guanin asoslarini hosil qilmasligi kerak.
Primerning erish harorati (Tm) ketma-ketlik shartlariga mos kelishi kerak. Shuning uchun u 52oC va 74oC orasida bo'lishi kerak. Primer sifatida foydalanish uchun oligonükleotidlarni tayyorlash kerakli ketma-ketlikning to'liq uzunligini olish uchun tozalanishi kerak. Agar oligonukleotidlar tarkibida aralashmalar bo'lsa, primer ketma-ketligi signalizatsiyasi turli xil primer joylaridan qo'shiladi va u ham asosiy hujayralar sonini kamaytiradi.
02-rasm: Primerlarni ketma-ketlashtirish
Oligonukleotidning primer erish harorati (Tm) komplementar DNK zanjirlarining bir-biri bilan qanchalik kuchli gibridlanganligini aniqlaydi. Tm DNK ketma-ketligiga va tuz konsentratsiyasi kabi bir qancha shartlarga bog'liq bo'lgan termodinamik hisob sifatida qaralishi mumkin. Tm PCR paytida muhim ahamiyatga ega, bunda sikl ketma-ketligi deb ataladigan variant dideoksinukleotid bilan tugatilgan fragmentlar guruhini ishlab chiqarish uchun ishlatiladi. Bu erda ketma-ketlashtirilgan primer dastlab muqobil ravishda tavlanadi, keyin kengaytiriladi va oxirgi marta kuchaytirish uchun denatüratsiya qilinadi. Shuning uchun Tm qiymati 52oC va 74o C orasida bo'lishi kerak. Sintezlangan oligonükleotidlarni DNK/RNK sintezi laboratoriyalaridan olish mumkin. tanlash. DNK ketma-ketligi uchun ishlatiladigan sintezning kichik miqyosi odatda 50 nmolni tashkil qiladi. Bundan tashqari, eng muhimi, ketma-ketlik uchun ishlatiladigan primerlar sifatning pasayishiga to'sqinlik qiladigan aralashmalardan tozalangan bo'lishi kerak.
PCR primerlari va ketma-ketlik primerlari o'rtasidagi o'xshashliklar qanday?
- PCR primerlari ham, ketma-ketlik primerlari ham maqsadli DNK ketma-ketligini kuchaytirish jarayonida ishlatiladigan primerlardir.
- PZR primerlari ham, ketma-ketlik primerlari ham nukleotidlardan iborat.
- PCR primerlari ham, ketma-ketlik primerlari ham qisqa oligomerlardir.
PCR primerlari va ketma-ketlik primerlari o'rtasidagi farq nima?
PCR primerlari va ketma-ketlik primerlari |
|
| PCR primerlari nukleotidlar ketma-ketligi uzunligi 18-25 boʻlgan qisqa DNK zanjirlari boʻlib, ularni kuchaytirilishi kerak boʻlgan DNK boʻlaklarining boshi va oxiri bilan moslashtiradi. | Sekvensiya primerlari qisqa oligomerlar boʻlib, ular DNK fragmentini oʻziga xos identifikatorini aniqlash maqsadida sekvensiyalash kontekstida qoʻllaniladi. |
| Funktsiya | |
| PCR primerlari muayyan DNK ketma-ketligini kuchaytirish uchun ishlatiladi. | Sekvensiya primerlari DNK fragmentini oʻziga xos identifikatorini aniqlash maqsadida sekvensiyalash kontekstida qoʻllaniladi. |
| Kerakli primerlar soni | |
| Ikki primer; PCR primerlari sifatida bitta oldinga va bitta teskari primer ishlatiladi. | Sequencing primeri sifatida faqat bitta primer kerak. |
Xulosa – PCR primerlari va ketma-ketlik primerlari
Sequencing primerlari DNK fragmentini oʻziga xos identifikatorini aniqlash maqsadida sekvensiyalash kontekstida qoʻllaniladi. Jarayonni bajarish uchun bitta ketma-ketlik primeri etarli bo'ladi. Yaxshi ketma-ketlik natijalarini olish uchun yuqori sifatli astarlar va shablonlar muhim ahamiyatga ega. Shunday qilib, primerlar tanlanganda, ular biz ketma-ket joylashtirmoqchi bo'lgan ma'lum bir hududga xos bo'lishi kerak. PCR primerlari nukleotid uzunligi 18-25 bo'lgan qisqa DNK zanjirlari bo'lib, ular kuchaytirilishi kerak bo'lgan DNK bo'laklarining boshi va oxiri bilan mos keladi. PCR primerlari oldinga va teskari primer bo'lishi mumkin. Yaxshi primerdagi guanin va sitozin (GC) miqdori 40-60 oralig'ida bo'lishi kerak. Primerni yumshatish harorati va erish harorati PCR paytida muhim jihatlardir. Bu PCR primerlari va Sequencing primerlari o'rtasidagi farq.
