dNTP va ddNTP o'rtasidagi asosiy farq shundaki, dNTP yoki deoksiribonukleotidlar DNKning qurilish bloklari bo'lib, pentoza shakar tuzilishida 3'-OH guruhiga ega, ddNTP yoki dideoksinukleozid trifosfatlar esa 3'-OH guruhiga ega bo'lmagan nukleotidlardir va ular turli uzunlikdagi DNK ketma-ketliklarini ishlab chiqarish uchun Sanger dideoksi DNK sekvensiyasi texnikasida qo'llaniladi.
dNTP va ddNTP nukleotidlardir. dNTP deoksiriboza nukleotidlariga ishora qiladi. Ular DNKning qurilish bloklaridir. dNTPlar DNKni sintez qilish uchun ishlatiladi. dNTP, aksincha, dideoksinukleozid trifosfatlarga ishora qiladi. Ular turli uzunliklarda DNK sintezini tugatish uchun Sanger sekvensiyasida qo'llaniladi. Ularda 3-o'rinda OH guruhi yo'q. Vodorod OH guruhi o'rniga 3' pozitsiyasida mavjud. Shuning uchun, ddNTPlar keyingi nukleotid bilan fosfodiester bog'lanishni hosil qila olmaydi. dNTP DNK sintezini amalga oshirishga qodir, ddNTP esa DNK polimerizatsiyasini tugatishga qodir.
dNTP nima?
dNTP deoksiriboza nukleotid yoki deoksiribonukleotid degan ma'noni anglatadi. Bu DNKning qurilish blokidir. DNTP ning to'rt turi mavjud. Bular dATP, dTTP, dCTP va dGTP. Ular purin yoki pirimidin azotli asoslariga ko'ra nomlanadi: Adenin (A), Guanin (G), Timin (T) va Sitozin (C).
01-rasm: dNTP
Adenin va guanin purin asoslari, timin va sitozin esa pirimidin asoslari. dNTP ning pentoza shakari deoksiribozadir. Fosfat guruhi ham mavjud. Shuning uchun dNTP uchta komponentdan iborat: azotli asos, dezoksiriboza shakar va fosfat guruhi. Ushbu dNTPlar bir-biri bilan fosfodiester aloqalari orqali birlashadi. DNTPlarda pentoza shakarining 3' pozitsiyasiga biriktirilgan OH guruhi mavjud bo'lib, u keyingi nukleotid shakarining 5' uglerodiga bog'langan fosfat guruhi bilan bog'lanish uchun zarurdir. Barcha dNTPlar ushbu 3ʹ -OH guruhiga ega bo'lganligi sababli, ular DNK zanjirlarini sintez qilish va kengaytirish qobiliyatiga ega. Demak, dNTP DNKning asosiy takrorlanuvchi birligi va genlarning kimyoviy moddalari vazifasini bajaradi. DNK sintezi har doim 5ʹ dan 3ʹ gacha davom etadi.
DdNTP nima?
Sanger sekvensiyasi 1977-yilda Frederik Sanger va uning kollejlari tomonidan ishlab chiqilgan birinchi avlod DNK sekvensiyasi usulidir. Bu usulning asosiy printsipi dideoksinukleozid trifosfatlar yordamida zanjirni tugatish boʻlgani uchun u zanjirni tugatish ketma-ketligi yoki Dideoksi sekvensiyasi deb ham ataladi. (ddNTPs). ddNTPlar Sanger sekvensiyasida ishlatiladigan nukleotidlardir. Sanger ketma-ketligi ddNTPlarning tanlab qo'shilishi va in vitro DNK replikatsiyasi paytida DNK sintezini tugatishga asoslangan. DdNTPlarning o'ziga xosligi shundaki, ular qo'shni nukleotiddagi 5' fosfat guruhi o'rtasida fosfodiester bog'lanishini davom ettirish uchun pentoza shakarida 3'-OH guruhiga ega emaslar. Demak, cho'zilgan ipga ddNTP biriktirilgandan so'ng, zanjirning uzayishi to'xtaydi va shu nuqtadan tugaydi. ddNTPlar Sanger sekvensiyasi usulida DNK polimeraza zanjirini uzaytiruvchi inhibitorlar vazifasini bajaradi.
02-rasm: ddNTP
To'rtta ddNTP mavjud: ddATP, ddCTP, ddGTP va ddTTP Sanger sekvensiyasida ishlatiladi. Ushbu nukleotidlar DNKning o'sib borayotgan zanjiriga kiritilganda DNK replikatsiyasi jarayonini to'xtatadi. Natijada, Sanger sekvensiyasi turli uzunlikdagi qisqa DNKni hosil qiladi. Kapillyar gel elektroforezi bu qisqa DNK iplarini jeldagi o'lchamlari bo'yicha tartibga solish uchun ishlatiladi. ddNTPlar DNK ketma-ketligini tahlil qilish qulayligi uchun radioaktiv yoki lyuminestsent tarzda turli ranglar bilan etiketlanadi. Jelni tahlil qilish orqali noma'lum DNK zanjirining nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash mumkin.
dNTP va DdNTP oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- Sanger ketma-ketligida dNTP va ddNTP ishlatiladi.
- DNTP va ddNTPlarning toʻrt turi mavjud.
- Ular uchta komponentdan iborat: azotli asos, dezoksiriboza shakar va fosfat guruhlari.
dNTP va DdNTP oʻrtasidagi farq nima?
dNTP DNKning qurilish bloklari bo'lgan to'rt turdagi deoksiribonukleotidlardan biridir. ddNTP - Sanger sekvensiyasi texnikasida ishlatiladigan dideoksiribonukleozid trifosfatlarning to'rt turidan biri. dNTP pentoza shakarida 3ʹ-OH guruhiga ega, ddNTP esa pentoza shakarida 3ʹ-OH guruhiga ega emas. Shunday qilib, bu dNTP va ddNTP o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, dNTPlar DNK polimerizatsiyasini amalga oshiradi, ddNTP esa DNK polimerizatsiyasini tugatadi. Demak, bu dNTP va ddNTP oʻrtasidagi yana bir asosiy farq.
Quyidagi infografikada dNTP va ddNTP oʻrtasidagi farqlar jadval koʻrinishida keltirilgan.
Xulosa – dNTP va DdNTP
Oddiy dNTPlar DNKning qurilish bloklari, ddNTPlar esa Sanger sekvensiyasi texnikasida ishlatiladigan nukleotidlardir. dNTPda 3ʹ-OH, ddNTPda esa 3ʹ-OH mavjud emas. Shunday qilib, bu dNTP va ddNTP o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, dNTP DNK zanjirini sintez qilishi mumkin, ddNTP esa DNK polimerizatsiyasini tugatishi mumkin. Shuning uchun ddNTPlar turli uzunlikdagi turli DNK zanjirlarini ishlab chiqarish uchun Sanger sekvensiyasida qo'llaniladi. Sanger ketma-ketligida dNTP ham, ddNTP ham kiradi.
