CDS va ORF oʻrtasidagi asosiy farq shundaki, CDS bu proteinga aylanadigan genning haqiqiy nukleotidlar ketma-ketligidir, ORF esa DNK ketma-ketligining choʻzilishi boʻlib, translatsiyani boshlash joyidan (boshlangʻich kodoni) boshlanadi va u bilan tugaydi. tarjimani tugatish sayti (stop kodoni).
Gen kodlash ketma-ketligiga (CDS) ega. U genning umumiy ekzonlari va boshlang'ich kodon va to'xtash kodonidan iborat. Bu proteinni tarjima qiladigan va ishlab chiqaradigan genning haqiqiy qismidir. Ochiq o'qish ramkasi yoki ORF - bu boshlang'ich kodon va to'xtash kodon o'rtasida joylashgan nukleotidlar ketma-ketligi. ORF ichida oqsilga aylanadigan genetik kodni to'xtatuvchi to'xtash-kodon yo'q. Prokaryotlarda genning CDS va ORF bir xil.
CDS nima?
CDS yoki kodlash ketma-ketligi genning oqsilga aylanadigan qismidir. U eksonlar va AUG kodon va to'xtash kodon deb nomlanuvchi ikkita kodondan iborat. CDS ikkita Tarjima qilinmagan hududni o'z ichiga olmaydi: 5' UTR va 3 UTR. Bundan tashqari, intronlar CDSga kiritilmagan.
01-rasm: kodlash ketma-ketligi
Individning butun genomi bilan solishtirganda, kodlash ketma-ketliklari kichik bir qismdir. Kodlash ketma-ketligi oqsilning aminokislotalar ketma-ketligini yaratish uchun zarur bo'lgan nukleotidlar ketma-ketligidan iborat. Shuning uchun CDS bu nukleotid tripletlari yoki kodonlarga bo'linadigan konsentrlangan ekzonlardir. Kodonlar aminokislotalarni hosil qiladi.
ORF nima?
Ochiq oʻqish ramkasi yoki ORF - bu boshlangʻich kodon bilan boshlanib, toʻxtash kodon bilan tugaydigan nukleotidlar ketma-ketligining uzluksiz choʻzilishi. Oddiy so'zlar bilan aytganda, ORF boshlang'ich va to'xtash kodonlari o'rtasida joylashgan nukleotidlar ketma-ketligi hududiga ishora qiladi. O'rtada ORFni to'xtatuvchi to'xtash kodon yo'q. Boshlanish va to'xtash kodonlari orasidagi nukleotidlar ketma-ketligi aminokislotalarni kodlaydi. Odatda, boshlang'ich kodon ATG, to'xtash kodonlari esa TAG, TAA va TGA. ORF transkripsiyalangan va tarjima qilinganda funktsional oqsilni beradi. Shunday qilib, ORF boshlang'ich kodoni, o'rta mintaqadagi bir nechta kodon va to'xtash kodonini o'z ichiga oladi. Qizig'i shundaki, ORF uzunligi uchga bo'linadigan uzunlikka ega.
02-rasm: Oʻqish ramkasini ochish
Prokariotlarda intronlar bo'lmagani uchun ORF to'g'ridan-to'g'ri mRNKga transkripsiyalanadigan genning kodlash ketma-ketligidir. Shuning uchun CDS va PRF prokaryotlarda bir xil. Prokaryotlarda genlarni qidirishda ORFni aniqlash va prokaryotlarda genni topish oson. Eukaryotlarda, intronlar mavjud bo'lganligi sababli, ORF - bu qayta ishlash yoki RNKni birlashtirishdan keyin hosil bo'ladigan kodon ketma-ketligi. ORF genlarni bashorat qilishga yordam beradigan dalildir, chunki ORF genning bir qismi boʻlishi mumkin.
CDS va ORF oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- Prokaryotlarda CDS va ORF bir xil.
- Har ikkalasida ham boshlang'ich va to'xtash kodonlari mavjud.
- Ularda uchga boʻlinadigan bir qancha nukleotidlar mavjud.
- Tarjima qilinganidan keyin ular aminokislotalar ketma-ketligini hosil qiladi.
CDS va ORF oʻrtasidagi farq nima?
CDS - bu genning oqsilga aylanadigan haqiqiy qismi, ORF esa DNKning boshlang'ich kodon va to'xtash kodon o'rtasidagi cho'zilishidir. Shunday qilib, bu CDS va ORF o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, CDS tarkibida intronlar mavjud emas, ammo ORF tarkibida intronlar bo'lishi mumkin. CDS to'liq mRNK ketma-ketligiga to'liq transkripsiyalanadi, ORF esa mRNK ketma-ketligining bir qismi bo'lishi mumkin. Shunday qilib, bu CDS va ORF o'rtasidagi yana bir farq.
Quyida infografik jadvallar CDS va ORF oʻrtasidagi farqlar yonma-yon keltirilgan.
Xulosa – CDS va ORF
CDS va ORF genning ikkita muhim qismidir. CDS DNKning oqsilga aylanadigan haqiqiy hududiga ishora qiladi. ORF - bu “ATG” start kodonidan boshlanib, uchta tugatish kodonining (TAA, TAG yoki TGA) har biri bilan tugaydigan DNK ketma-ketligi. ORF genning to'liq mRNK qismi bo'lishi mumkin. Biroq, genning kodlash ketma-ketligi mRNK ketma-ketligini to'liq transkripsiya qiladi. Barcha CDSlar ORF hisoblanadi. Ammo hamma ORFlar CDS emas. Shunday qilib, bu CDS va ORF o'rtasidagi farqni umumlashtiradi.
