Asosiy farq – SYBR Green va Taqman
SYBR Green va Taqman - real vaqtda PCRni kuchaytirish jarayonini aniqlash yoki kuzatish uchun qo'llaniladigan ikkita usul. SYBR Green - bu nuklein kislotasini bo'yash bo'yoqlarini interkalatsiyalashga asoslangan usul, Taqman esa gidroliz probiga asoslangan usul. Ikkala texnologiya ham PCR paytida floresan hosil qilish uchun mo'ljallangan, bu esa real vaqtda PCR mashinasiga reaktsiyani "real vaqtda" kuzatish imkonini beradi. SYBR Green usuli SYBR yashil deb nomlangan floresan bo'yoq yordamida amalga oshiriladi va bo'yoqni ishlab chiqarilgan ikki zanjirli DNKga bog'lash orqali kuchaytirilishini aniqlaydi. Taqman ikki yorliqli zondlar yordamida amalga oshiriladi va zondning Taq polimeraza ta'sirida degradatsiyasi va floroforning chiqishi orqali kuchaytirilishini aniqlaydi. Bu SYBR Green va Taqman oʻrtasidagi asosiy farq.
SYBR Green nima?
SYBR Green - bu nuklein kislotalarni, ayniqsa molekulyar biologiyada ikki zanjirli DNKni bo'yash uchun ishlatiladigan floresan bo'yoq. SYBR Green usuli real vaqtda PCR paytida PCR mahsulotlarini miqdorini aniqlash uchun ishlatiladi. DNK bilan bog'langandan so'ng, hosil bo'lgan DNK-bo'yoq kompleksi ko'k nurni o'zlashtiradi va kuchli yashil yorug'lik chiqaradi. Bu ikki zanjirli DNK bilan bog'langanda bo'yoq molekulasida yuzaga keladigan tarkibiy o'zgarish tufayli sodir bo'ladi. PCR ko'proq va ko'proq DNK hosil qilganda, ko'proq bo'yoq molekulalari DNK bilan bog'lanib, ko'proq floresan hosil qiladi. Shuning uchun, floresans PCR mahsulotining to'planishi bilan ortadi. Shunday qilib, PCR mahsuloti miqdorini SYBR Green floresan aniqlash orqali miqdoriy jihatdan o'lchash mumkin.
SYBR yashil boʻyogʻi sitometriya va lyuminestsent mikroskopiyada DNKni belgilash uchun ham ishlatilishi mumkin. Etidium bromidi SYBR Green bilan muvaffaqiyatli almashtirildi, chunki etidium bromidi kanserogen bo'yoq bo'lib, gel elektroforezida DNKni vizualizatsiya qilishda utilizatsiya qilishda muammolarga duch keladi.
SYBR yashil usulining afzalliklari va kamchiliklari mavjud. Bu usul juda sezgir, arzon va ulardan foydalanish oson. Biroq, har qanday ikki zanjirli DNK bilan bog'lanish qobiliyati tufayli, o'ziga xos bo'lmagan bog'lanish PCR mahsulotining ortiqcha miqdorini aniqlashga olib kelishi mumkin.
01-rasm: SYBR Green Technique
Taqman nima?
Taqman real vaqtda PCR jarayonini kuzatish uchun SYBR Greenga muqobil usuldir. Bu usul Taq polimeraza fermentining 5' - 3' eksonukleaza faolligiga bog'liq bo'lib, yangi ipning kengayishi va floroforning chiqarilishi paytida zondlarni buzish. Ushbu usulda ikki yorliqli problar qo'llaniladi va u zondlarning gidrolizlanishiga asoslangan. Zondlar floresan yorliqli DNK oligonükleotidlari bo'lib, 5' uchida lyuminestsent reportyor molekulasi (fluorofor) va 3' uchida so'ndiruvchi molekula mavjud. Ular primer tavlamalarining qarama-qarshi tomonidagi bitta torli shablonga bog'lash uchun mo'ljallangan. Taq polimeraza primerga nukleotidlarni qo'shadi va yangi ipni ikki yorliqli zondlar tomon uzatadi. Taq polimeraza prob bilan uchrashgandan so'ng, Taq polimerazasining ekzonukleaza ta'siri zondni faollashtiradi va yomonlashtiradi. Yangi ipning sintezini tugatgandan so'ng, prob to'liq degradatsiyaga uchraydi va floroforni chiqaradi. Flüoroforning chiqishi floresan hosil qiladi. Floresan Quencher molekulasi chiqadigan yorug'likni samarali ravishda o'chiradi va PCR mahsulotini miqdoriy aniqlash uchun chiqish hosil qiladi. Ftoroforlarning chiqarilishi va PCR mahsulotlarining miqdori mutanosibdir. Demak, taqman usuli bilan miqdoriy aniqlash oson bo'ladi.
02-rasm: Taqman usuli
Taqman usuli real vaqt rejimida PCR, gen ifodasini miqdoriy aniqlash, genetik polimorfizmlarni aniqlash, xromosoma DNK deletsiyasini aniqlash, bakterial identifikatsiya, mikroarray tahlilini tekshirish, SNP genotipini aniqlash va hokazolarda qo'llaniladi.
SYBR green va Taqman oʻrtasidagi farq nima?
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green DNKni bogʻlovchi boʻyoqqa asoslangan. | Taqman gibridizatsiya zondlariga va Taq polimerazasining 5' dan 3' gacha eksonukleaza faolligiga bog'liq. |
| Flüoresan yorliqli zondlar | |
| Flüoresan yorliqli problar kerak emas. | Ikkita yorliqli zondlar kerak. |
| Multipleks gen tahlili | |
| Uni multipleks gen maqsadlari uchun ishlatib boʻlmaydi. | U multipleks gen maqsadlari uchun ishlatilishi mumkin. |
| Narxi | |
| Bu arzonroq. | Bu qimmatroq. |
| Oʻziga xoslik | |
| Bu kamroq oʻziga xos va har qanday ikki zanjirli DNK bilan bogʻlanadi | Bular juda oʻziga xosdir, chunki zondlar maxsus kuchaytirish mahsulotlarini aniqlaydi. |
| Effektivlik | |
| Bu unchalik samarali emas. | Bu juda samarali. |
| Ilova | |
| Bu real vaqtda PCR, agaroz-gel vizualizatsiyasi, DNK yorligʻi va boshqalarda qoʻllaniladi. | Bu real vaqt rejimida PCR, gen ifodasini miqdoriy aniqlash, genetik polimorfizmlarni aniqlash va hokazolarda qoʻllaniladi. |
Xulosa – SYBR Green va Taqman
Taqman va SYBR yashil - real vaqtda PCR (miqdoriy PCR) da qo'llaniladigan ikkita usul. Ikkala usul ham PCR mahsulotining miqdorini samarali aniqlash imkonini beradi va floresan emissiyasiga tayanadi. Taqman usuli to'plangan DNKni aniqlash uchun ikki yorliqli zondlardan foydalanadi, SYBR Green usuli esa floresan bo'yoqdan foydalanadi. Bu ikkala usul ham molekulyar biologiyada turlicha qo‘llaniladi.
