NGS va WGS oʻrtasidagi asosiy farq shundan iboratki, keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) ikkinchi avlod sekvensiyasining massiv parallel texnologiyasi boʻlib, u yuqori oʻtkazuvchanlik, arzon narx va tezdir, shu bilan birga butun genom sekvensiyasi (WGS) Sanger sekvensiyasi, ov miltig'i yondashuvi yoki yuqori o'tkazuvchan NGS sekvensiyasi kabi ketma-ketlik usullaridan foydalangan holda bir vaqtning o'zida hujayraning butun genomik DNKsini tahlil qilishning keng qamrovli usuli.
So'nggi bir necha o'n yilliklarda odamlar va boshqa hayvonlarning genomini tushunish tezkor sekvensiya texnikasi va bioinformatika vositalarining kashf etilishi tufayli sezilarli darajada oshdi. Sanger sekvensiyasi kabi an'anaviy ketma-ketlik texnikasi o'z cheklovlariga ega edi, bu esa keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) va nanoporalarni ketma-ketlashtirish kabi yangi tezkor ketma-ketlik usullarini ishlab chiqishni talab qildi. Butun genom ketma-ketligi (WGS) usuli yaqinda qo'llanilgan yondashuv bo'lib, u ko'plab genomik tadqiqot loyihalarida, masalan, Genomik Angliya, Buyuk Britaniyaning 100 000 genomik loyihasida qo'llaniladi. Shunday qilib, NGS va WGS hozirda ko‘plab genomik loyihalarga kiritilgan ikkita ketma-ketlik usulidir.
NGS nima?
NGS (keyingi avlod ketma-ketligi) yuqori oʻtkazuvchanlik, arzon va tezkor ikkinchi avlod ketma-ketlik texnologiyasidir. Keyingi avlod ketma-ketligi uchun aniq ta'rif yo'q. Ammo biz uni an'anaviy kapillyarlarga asoslangan ketma-ketlik texnikasidan aniq ajratib olishimiz mumkin. Keyingi avlod sekvensiyasi bitta tajribada umumiy o'lchami 1 million tayanch juftidan kattaroq bo'lgan DNK molekulasini ketma-ketlashtirish imkonini beradi. U misli ko'rilmagan tezlik va yuqori o'tkazuvchanlik imkoniyatlarini taklif etadi, masalan, bir vaqtning o'zida bir nechta shaxslarning DNKlarini ketma-ketlashtirishga imkon beradi. Bunga individual ketma-ketlik reaktsiyalarining hajmini kichiklashtirish orqali erishiladi. Bundan tashqari, bu asboblar hajmini cheklaydi va har bir reaksiya uchun reagentlar narxini kamaytiradi.
01-rasm: NGS platformalari
NGS - bu biologik tadqiqot sohasida allaqachon inqilob qilgan qisqa o'qiladigan ketma-ketlik usuli. Bundan tashqari, NGS de novo genom ketma-ketligi, butun genom ketma-ketligi, transkriptom tahlili, kichik RNK va mikro RNK ketma-ketligi, maqsadli resekvensiya va butun ekzoma sekvensiyasi kabi turli sohalarda qo'llaniladi.
WGS nima?
WGS (butun genom sekvensiyasi) - bu Sanger sekvensiyasi, ov miltig'i yondashuvi yoki yuqori o'tkazuvchanlik NGS sekvensiyasi kabi ketma-ketlik usullaridan foydalangan holda bir vaqtning o'zida hujayraning butun genomik DNKsini tahlil qilishning keng qamrovli usuli. U, shuningdek, to'liq genom ketma-ketligi yoki to'liq genom ketma-ketligi sifatida ham tanilgan. Butun genom ketma-ketligi organizmning barcha xromosoma DNKsini, shuningdek, mitoxondriyadagi DNKni, o'simliklar uchun esa xloroplastdagi DNKni bir vaqtning o'zida ketma-ketlashtirishni o'z ichiga oladi. WGS olimlarga DNKning to'liq to'plamini tashkil etuvchi barcha harflarning aniq ketma-ketligini o'qish imkonini beradi. NGS platformasidan foydalanadigan WGS klinik sozlashda inqilob qilishi kutilmoqda.
02-rasm: WGS va ierarxik otishma ketma-ketligi
To'liq genom ketma-ketligi 2014-yilda klinik yordamga kiritilgan. Bundan tashqari, WGS qo'llanilishi assotsiatsiya tadqiqotlarida funktsional variantlarni aniqlash, shaxsiylashtirilgan tibbiyotda terapevtik aralashuv, evolyutsion biologiya, qiyosiy genom tahlili uchun SNP darajasida genlar ketma-ketligini o'z ichiga oladi., mutatsiyalar va oʻzgartirishlar boʻyicha tadqiqotlar, kamdan-kam variantlar assotsiatsiyasini oʻrganish hamda kasalliklarga moyillik va dori reaktsiyasini bashorat qilish.
NGS va WGS oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- NGS va WGS ikkita ketma-ketlik texnikasi.
- Ikkala usul ham DNK yoki RNK ketma-ketligini belgilaydi.
- Bu texnikalar yangi va ishonchli.
- Ularning ikkalasi ham kasalliklarni tashxislash va dori-darmonlarni aniqlashda qoʻllaniladi.
NGS va WGS o'rtasidagi farq nima?
NGS - bu yuqori o'tkazuvchanlik, arzon narxlardagi va tezkor bo'lgan massiv parallel ikkinchi avlod sekvensiya texnologiyasi, WGS esa hujayraning butun genomik DNKsini bir vaqtning o'zida sekvensiyalash usullaridan foydalangan holda tahlil qilishning keng qamrovli usulidir. Sanger sekvensiyasi, ov miltig'i yondashuvi yoki yuqori o'tkazuvchanlik NGS sekvensiyasi sifatida. Shunday qilib, bu NGS va WGS o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, NGS faqat ikkinchi avlod ketma-ketlik usullaridan, WGS esa birinchi, ikkinchi va uchinchi avlod tartiblash usullaridan iborat.
Quyidagi jadvalda yonma-yon taqqoslash uchun NGS va WGS oʻrtasidagi farqlar jadval koʻrinishida keltirilgan.
Xulosa – NGS va WGS
So'nggi o'n yilliklarda zamonaviy molekulyar tadqiqotlarda muntazam ravishda turli xil ketma-ketlik usullari qo'llanildi. Va hatto ular ko'plab klinik ilovalar uchun juda kuchli vositalardir. NGS va WGS hozirda ko'plab genomik loyihalarga kiritilgan ikkita ketma-ketlik usulidir. NGS ikkinchi avlod sekvensiyasi texnologiyasi boʻlib, yuqori oʻtkazuvchanlik, arzon narxlardagi va tezdir. Boshqa tomondan, WGS - bu Sanger sekvensiyasi, ov miltig'i yondashuvi yoki yuqori o'tkazuvchan NGS sekvensiyasi kabi ketma-ketlik usullaridan foydalangan holda bir vaqtning o'zida hujayraning butun genomik DNKsini yoki to'liq genomik DNKni tahlil qilish usuli. Demak, bu NGS va WGS oʻrtasidagi farqning qisqacha mazmuni.
