Molekulyar oʻrnatish va skoring oʻrtasidagi asosiy farq shundan iboratki, oʻrnatish ikki molekula oʻrtasidagi bogʻlanish yaqinligini aniqlash uchun qoʻllaniladigan usul boʻlsa, ball qoʻyish qulay molekulalararo oʻzaro taʼsirlar sonini hisoblash orqali maʼlum bir pozani baholash jarayonidir.
Molekulyar o'rnatish va skoring atamalari molekulyar modellashtirish sohasida qo'llaniladi. Molekulyar modellashtirish - ma'lum bir moddadagi turli molekulalarning mumkin bo'lgan joylashishini aniqlash uchun ishlatiladigan usul. Bu usul yangi barqaror birikmalar yaratishda muhim ahamiyatga ega.
Molekulyar docking nima?
Molekulyar o'rnatish - bu retseptor bilan bog'langan nomzod ligandning hisoblash simulyatsiyasi. Bu usul barqaror kompleks hosil qilish uchun bir-biriga bog'langanda bir molekulaning boshqa molekulaga afzal yo'nalishini bashorat qiladi. Ushbu texnikadan olingan natijalar ikki molekula orasidagi bog'lanish kuchini yoki bog'lanish yaqinligini taxmin qilish uchun ishlatilishi mumkin. Bu erda molekulyar ball funksiyasi ham muhim.
01-rasm: Biologik tizimlardagi molekulyar o'zaro ta'sir jarayonini ko'rsatadigan oddiy diagramma
Umuman olganda, bu usul oqsillar, peptidlar, nuklein kislotalar, uglevodlar va lipidlar kabi biologik ahamiyatga ega molekulalarni hisobga oladi. Bu molekulalar juda muhim va ular tanamizdagi signal uzatish mexanizmlarida muhim rol o'ynaydi. Shuning uchun, ushbu signal uzatish jarayoni uchun bog'lanadigan ikkita molekulaning yo'nalishi bu erda ishlab chiqarilgan signal turiga ta'sir qiladi. Bu degani; molekulyar docking biologik tizimlarda signal uzatish jarayonida hosil bo'ladigan signalning kuchini va turini aniqlashda muhim ahamiyatga ega.
Bundan tashqari, molekulyar o'rnatish usullari tuzilishga asoslangan dorilarni loyihalashda muhim ahamiyatga ega. Bu ligandlar kabi kichik molekulalarning mos bog‘lanish joyiga bog‘lanishini oldindan aytish mumkinligi bilan bog‘liq.
Molekulyar skoring nima?
Molekulyar ball - bu molekulyar oʻrnatish jarayonini baholashda foydali boʻlgan matematik funksiya turi. Hisoblash kimyosi sohasida qo'shilish jarayonidan keyin ikkita molekula o'rtasidagi bog'lanish yaqinligini bashorat qilish uchun ball funksiyalaridan foydalaniladi. Misol uchun, agar bizda zarrachali preparatning kichik molekulasi bo'lsa va oqsil kabi biologik maqsad mavjud bo'lsa, biz preparatning bog'lanish joyiga yaqinligini baholashimiz mumkin. Bundan tashqari, molekulyar ball ikki oqsil o'rtasidagi yoki oqsil va DNK molekulalari orasidagi molekulalararo o'zaro ta'sirlarni bashorat qilish uchun ishlatilishi mumkin.
02-rasm: Qisqacha ball funksiyasi
Molekulyar baholashning asosiy qoʻllanilishi dori-darmonlarni loyihalash jarayonlarida, masalan, virtual skrining, de novo loyihalash, qoʻrgʻoshinni optimallashtirish va h.k.da qoʻllaniladi.
Molekulyar oʻrnatish va baholash oʻrtasidagi farq nima?
Molekulyar modellashtirishda molekulyar biriktirish va skoring muhim ahamiyatga ega. Molekulyar o'rnatish va skoring o'rtasidagi asosiy farq shundaki, o'rnatish ikki molekula o'rtasidagi bog'lanish yaqinligini aniqlash uchun foydalaniladigan usul bo'lsa, ball qo'yish qulay molekulalararo o'zaro ta'sirlar sonini hisoblash orqali ma'lum bir pozani baholash jarayonidir.
Quyidagi infografikada molekulyar oʻrnatish va baholash oʻrtasidagi farq jamlangan.
Xulosa – Molekulyar oʻrnatish va Skorlash
Molekulyar modellashtirishda molekulyar biriktirish va skoring muhim ahamiyatga ega. Molekulyar o'rnatish va skoring o'rtasidagi asosiy farq shundaki, o'rnatish ikki molekula o'rtasidagi bog'lanish yaqinligini aniqlash uchun foydalaniladigan usul bo'lsa, ball qo'yish qulay molekulalararo o'zaro ta'sirlar sonini hisoblash orqali ma'lum bir pozani baholash jarayonidir.
