BLAST va FastA oʻrtasidagi asosiy farq shundaki, BLAST Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi veb-saytida mavjud boʻlgan asosiy moslashtirish vositasi, FastA esa Yevropa Bioinformatika Instituti veb-saytida mavjud boʻlgan oʻxshashlikni qidirish vositasidir.
BLAST va FastA turli turdagi DNK, aminokislotalar, oqsillar va nukleotidlarning biologik ketma-ketligini solishtirish va ularning o'xshashligini izlash uchun keng qo'llaniladigan ikkita dasturdir. Ushbu algoritmlar tezlikni hisobga olgan holda yozilgan. Chunki 1980-yillarning oʻrtalarida olimlar laboratoriyada DNKni ajratib olishga muvaffaq boʻlgach, yuqori tezlikda keyingi tadqiqotlar uchun bir xil genlarni solishtirish va topish zarurati tugʻildi. Shunday qilib, bu ikki dasturiy ta'minot foydalanuvchi so'rovlar ketma-ketligi bilan o'xshash ketma-ketliklarni tez qidirishi mumkin bo'lgan tarzda ishlab chiqilgan.
BLAST - asosiy mahalliy hizalama qidiruv vositasining qisqartmasi boʻlib, ikkita ketma-ketlikni solishtirishda mahalliylashtirilgan yondashuvdan foydalanadi. FastA bu Fast A ga ishora qiluvchi dasturiy ta'minot bo'lib, bu erda A barchani anglatadi. Bu yerda dastur DNK ketma-ketligi uchun Fast A va oqsil uchun Fast P kabi alifbolar bilan ishlaydi. BLAST ham, FastA ham har qanday genom ma'lumotlar bazasini solishtirishda juda tez va shuning uchun pul va vaqtni tejashda juda foydali.
BLAST nima?
BLAST 1990-yilda ishlab chiqilgan eng koʻp qoʻllaniladigan bioinformatika dasturidan biridir. Oʻshandan beri u NCBI saytida hamma uchun mavjud. Bundan tashqari, har qanday shaxs ushbu dasturga kirishi va undan foydalanishi mumkin. Bundan tashqari, BLAST - bu FastA formatidagi ma'lumotlar yoki ketma-ketliklarni kiritish kerak bo'lgan dastur. Biroq, u oddiy matn, HTML yoki XML formatida chiqish ma'lumotlarini beradi. BLAST ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi mahalliy o'xshashliklarni izlash va o'xshash ketma-ketliklarning qisqacha ro'yxatini tuzish printsipi asosida ishlaydi va shundan so'ng u qo'shni o'xshashliklarni qidiradi.
01-rasm: PORTLASH natijalari
Shunday qilib, ushbu dastur koʻp sonli oʻxshash mahalliy hududlarni qidiradi va chegara qiymatiga erishish natijasini beradi. Biroq, bu jarayon avval butun ketma-ketlikni qidirib, keyin taqqoslashni amalga oshiradigan oldingi dasturiy ta'minotdan farq qiladi va shuning uchun ko'p vaqt talab etadi.
Yuqoridagi oʻxshashlikni tekshirishdan tashqari, BLAST DNK xaritasi, turli turlardagi ikkita bir xil genni solishtirish, filogenetik daraxt yaratish va h.k. kabi boshqa koʻplab maqsadlarga ega.
FastA nima?
FastA - oqsillar ketma-ketligini moslashtirish dasturi. Devid J. Lipman va Uilyam R. Pearson 1985 yilda ushbu dasturiy ta'minotni tasvirlab berishgan. Garchi ushbu dasturning dastlabki qo'llanilishi faqat oqsil ketma-ketligini solishtirish uchun bo'lgan bo'lsa-da, uning o'zgartirilgan versiyasida DNK ketma-ketligini ham solishtirish mumkin edi. Bu erda ushbu dasturiy ta'minot ikki ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlikni statistik tarzda topish tamoyilidan foydalanadi. U mahalliy ketma-ketlikni moslashtirish usuli bilan DNK yoki oqsilning bir qatoriga boshqa ketma-ketlik bilan mos keladi.
02-rasm: FastA
Biroq, u oʻxshashlik uchun mahalliy hududlarni qidiradi, lekin ikkita ketma-ketlik oʻrtasidagi eng yaxshi moslik emas. Ushbu dastur vaqti-vaqti bilan mahalliylashtirilgan o'xshashliklarni taqqoslaganligi sababli, u mos kelmasligi ham mumkin. Ketma-ketlikda FastA k-kortejlar deb nomlanuvchi kichik qismni oladi, bunda kortejlar 1 dan 6 gacha bo'lishi mumkin va boshqa ketma-ketlikning k-kortejlari bilan mos keladi. Moslash jarayoni oxirida, chegara qiymatiga yetganda, u natija beradi.
BLAST va FastA oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- BLAST va FastA oqsil va DNK ketma-ketligini oʻxshashlik uchun solishtirish uchun ishlatiladigan bioinformatika vositalaridir.
- Shuningdek, ikkala dastur ham ketma-ketliklar oʻrtasida taqqoslash uchun ball strategiyasidan foydalanadi.
- Bundan tashqari, ikkala vosita ham yuqori aniq natijalar beradi.
BLAST va FastA oʻrtasidagi farq nima?
BLAST - biologik ketma-ketliklar o'rtasidagi o'xshashlikni tekshirish vositasi. Boshqa tomondan, FastA - bu protein va DNK ketma-ketliklarining o'xshashligini tekshirishni osonlashtiradigan yana bir dastur. Biroq, FastA bilan solishtirganda, BLAST dasturi juda mashhur, chunki u aniqroq va tez natijalar beradi. Demak, bu BLAST va FastA o'rtasidagi farq. Bundan tashqari, FastA dan farqli o'laroq, BLAST dasturi foydalanuvchining ehtiyojlariga qarab o'zgartirilishi mumkin. Shuning uchun bu BLAST va FastA oʻrtasidagi yana bir farq.
Quyidagi BLAST va FastA oʻrtasidagi farq haqidagi infografikada batafsil maʼlumot berilgan.
Xulosa – BLAST va FastA
BLAST va FastA foydalanuvchiga soʻrovlar ketma-ketligini mavjud maʼlumotlar bazalaridagi ketma-ketliklar bilan solishtirish va oʻxshashliklarni tekshirish imkonini beruvchi ikkita dasturdir. FastA ning dastlabki maqsadi faqat oqsil ketma-ketligini solishtirish edi. Biroq, ushbu dasturning o'zgartirilgan versiyasi oqsil va DNK ketma-ketligini taqqoslashni osonlashtiradi. FastA yaxshi dasturiy ta'minot bo'lsa-da, ko'pchilik odamlar BLAST alignment vositasidan foydalanadilar, chunki u FastAga qaraganda mashhurroq va aniqroq va tez natijalar beradi. Shuningdek, BLAST vositasi foydalanuvchi talablariga muvofiq o'zgartirilishi mumkin. Qisqasi, bu BLAST va FastA o'rtasidagi farqni umumlashtiradi.
