FASTA va FASTQ oʻrtasidagi asosiy farq shundaki, FASTA matnga asoslangan format boʻlib, u faqat nukleotid yoki oqsil ketma-ketligini saqlaydi, FASTQ esa ketma-ketlik va tegishli ketma-ketlik sifati qiymatlarini saqlaydigan matnga asoslangan formatdir.
Bioinformatika - bu biologik ma'lumotlarni tahlil qilish va tushunish uchun turli dasturlardan foydalanadigan soha, ayniqsa ma'lumotlar to'plami murakkab va katta bo'lsa. Ushbu soha biologik ma'lumotlarni tahlil qilish va sharhlash uchun biologiya, kimyo, fizika, informatika, axborot muhandisligi, matematika va statistikani birlashtiradi. FASTA va FASTQ ketma-ketliklarni tekislash va tahlil qilish uchun bioinformatika sohasidagi ikkita ketma-ketlikni ko'rsatish formatlari. Aslida, FASTQ ketma-ketlik fayl formati boʻlib, FASTA formatini ketma-ketlik sifatini saqlash imkoniyati bilan kengaytiradi.
FASTA nima?
FASTA - bu DNK va oqsillar ketma-ketligi uchun moslashtirish dasturi. FASTA dasturi FASTA formatidan foydalanadi. Bu nukleotidlar ketma-ketligini yoki aminokislotalar (oqsillar) ketma-ketligini ifodalovchi matnga asoslangan formatdir. Bu erda bitta harfli kodlar ikkala ketma-ketlikni ham ifodalaydi. FASTA bioinformatika va biokimyo sohalarida muhim vositadir. Bu format ketma-ketlik nomlari va izohlarni ketma-ketliklardan oldin qoʻyish imkonini beradi.
01-rasm: FASTA ketma-ketligi
Ushbu format FASTA dasturidan kelib chiqqan va 1985 yilda Devid J. Lipmann va Uilyam R. Pearson tomonidan taqdim etilgan. FASTA vositasi vaqt oʻtishi bilan koʻplab modifikatsiyalarga ega boʻlgan va eng soʻnggi versiyasi protein: oqsil, DNK uchun dasturlardan iborat.:DNK, oqsil: tarjima qilingan DNK (ramka siljishi bilan) va tartibli yoki tartibsiz peptidlarni qidirish. FASTA ma'lum bir nukleotid yoki aminokislotalar ketma-ketligini o'qiydi va shunga o'xshash ma'lumotlar bazasi ketma-ketliklarining mos kelishini topish uchun mahalliy ketma-ketlikni moslashtirish orqali tegishli ketma-ketlik ma'lumotlar bazasini qidiradi.
FASTQ nima?
FASTQ bioinformatika sohasida qoʻllaniladigan moslashtirish dasturi boʻlib, u ham biologik ketma-ketlikni (odatda nukleotidlar ketma-ketligi) va uning tegishli sifat koʻrsatkichlarini saqlaydi. FASTQ dastlab Wellcome Trust Sanger instituti tomonidan FASTA formatlangan ketma-ketlikni va tegishli sifatli ma'lumotlarni birlashtirish uchun ishlab chiqilgan. Bioinformatika sohasining rivojlanishi bilan FASTQ ko'plab yuqori o'tkazuvchanlikdagi ketma-ketlik asboblarining chiqishini saqlash uchun de-fakto standartga aylandi.
FASTQ formati har bir ketma-ketlikda toʻrt xil qatordan foydalanadi. 1-qator @ belgisi bilan boshlanadi va undan keyin ketma-ketlik identifikatori (FASTA sarlavha qatoriga o'xshash) keladi. 2-qator xom ketma-ketlik harflaridan iborat. 3-qatorda ketma-ketlik “+” belgisi bilan boshlanadi va ixtiyoriy ravishda bir xil ketma-ketlik identifikatori bilan birga keladi.4-qator 2-qatordagi ketma-ketlikning sifat qiymatlarini kodlaydi va ketma-ketlikdagi harflar bilan bir xil miqdordagi belgilardan iborat bo‘lishi kerak.
FASTA va FASTQ oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- FASTA va FASTQ moslashtirish vositalaridir.
- Ular ikkita ketma-ket tasvir formati.
- Ikkalasi ham bioinformatika sohasiga tegishli.
- FAST va FASTQ ham saqlash va tartiblash uchun muhim vositalardir.
- FASTQ - bu ketma-ketlik sifatini saqlash imkoniyatiga ega FASTA formatining kengaytmasi.
FASTA va FASTQ oʻrtasidagi farq nima?
FASTA matnga asoslangan format boʻlib, u faqat nukleotid yoki oqsil ketma-ketligini saqlaydi, FASTQ esa ketma-ketlik va tegishli ketma-ketlik sifat qiymatlarini saqlaydigan matnga asoslangan formatdir. Shunday qilib, bu FASTA va FASTQ o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, FASTA ketma-ketlik qismlarini xaritalashdan keyin saqlaydi, FASTQ esa ketma-ketlik qismlarini xaritalashdan oldin saqlaydi. Bundan tashqari, FASTA va FASTQ o'rtasidagi yana bir farq shundaki, FASTA bitta tavsif qatoridan, FASTAQ esa to'rt qatordan iborat.
Quyidagi infografikada yonma-yon taqqoslash uchun FASTA va FASTQ oʻrtasidagi farqlar jadval koʻrinishida keltirilgan.
Xulosa – FASTA va FASTQ
Bioinformatika FASTA va FASTQ va boshqalar kabi ketma-ketlikning turli formatlaridan foydalanadi. FASTA ketma-ketlik qismlarini xaritalashdan keyin, FASTQ esa ketma-ketlik qismlarini xaritalashdan oldin saqlaydi. FASTA - bu DNK va oqsillar ketma-ketligini moslashtirish dasturi. U oqsil: oqsil, DNK: DNK, oqsil: tarjima qilingan DNK (ramka siljishi bilan) va tartibli yoki tartibsiz peptidlarni qidirish uchun dasturlardan iborat. FASTQ bioinformatika sohasida qoʻllaniladigan moslashtirish dasturi boʻlib, biologik ketma-ketlikni (odatda nukleotidlar ketma-ketligi) va uning tegishli sifat koʻrsatkichlarini saqlaydi. FASTA bitta tavsif qatoridan, FASTQ esa to'rtta qatordan iborat. Shunday qilib, bu FASTA va FASTQ o'rtasidagi farqni umumlashtiradi.
