Bioinformatikadagi homologiya va oʻxshashlik oʻrtasidagi asosiy farq shundan iboratki, homologiya ikki ketma-ketlikning umumiy evolyutsion kelib chiqishi haqidagi bayonotni, oʻxshashlik esa ikkita ketma-ketlik oʻrtasidagi oʻxshashlik darajasini bildiradi.
Bioinformatika - biologik ma'lumotlarni tahlil qilish va izohlash uchun biologiya, axborot muhandisligi, informatika, matematika va statistikani birlashtirgan fan sohasi. Gomologiya va o'xshashlik biz bioinformatika sohasida ishlatadigan ikkita atamadir. Biz hizalanishning ma'lum uzunligi bo'yicha o'xshash qoldiqlarning foizi sifatida o'xshashlikni osongina hisoblashimiz mumkin. Biroq, biz homologiyani hisoblay olmaymiz, chunki u to'g'ri yoki noto'g'ri bo'lishi mumkin va odatda ishlatilgan gipotezaga bog'liq.
Bioinformatikada homologiya nima?
Bioinformatikadagi homologiya hayotning evolyutsion daraxtidagi umumiy ajdodlar xususiyatlari nuqtai nazaridan aniqlangan DNK, RNK va oqsil ketma-ketligi o'rtasidagi biologik homologiyaga ishora qiladi. Boshqacha qilib aytganda, bu ikkita ketma-ketlikning umumiy evolyutsion ajdodlari. Bunday hodisaning sababi spetsifikatsiya hodisalari (ortologlar), gorizontal gen o'tkazish hodisalari (ksenologlar) yoki takrorlanish hodisalari (paraloglar) tufayli bo'lishi mumkin.
01-rasm: Bir nechta ketma-ketlikni tekislash
DNK, RNK yoki oqsillar oʻrtasidagi homologiyani ularning aminokislotalar yoki nukleotidlar ketma-ketligi oʻxshashligi bilan aniqlash mumkin. Muhim o'xshashlik ikkita ketma-ketlikning evolyutsion o'zgarishlar bilan umumiy ajdodlar ketma-ketligi bilan bog'liqligini aniqlash uchun kuchli dalil xususiyat bo'lib xizmat qiladi. Bir nechta ketma-ketlikning tekislanishi har bir ketma-ketlikning gomologik tabiatga ega hududlarini bildiradi.
Bioinformatikada oʻxshashlik nima?
Bioinformatikada oʻxshashlik ikki oqsil yoki nukleotidlar ketma-ketligi oʻrtasidagi oʻxshashlikni baholaydi. Ushbu jarayonning ikkita asosiy bosqichi mavjud. Dastlabki qadam BLAST, FastA va LALIGN kabi algoritmlardan foydalangan holda ikkita ketma-ketlik (jumladan, bo'shliqlar) o'rtasida optimal moslashishni topishga yordam beradigan juftlik bilan tekislashdir. Juftlik bilan tekislashdan so'ng, har bir juftlik taqqoslashdan ikkita miqdoriy parametrni olish kerak. Ular o'ziga xoslik va o'xshashlikdir. BLASTda qidiruvdagi oʻxshashliklar ijobiy deb nomlanadi.
02-rasm: juftlarni tekislash
Konservativ mutatsiya aminokislota fizikokimyoviy xossalarini saqlab qolgan holda shu kabi qoldiqga mutatsiyaga uchraganda yuzaga keladi. Misol uchun, agar arginin +1 musbat zaryad bilan lizinga mutatsiyaga uchrasa, u qabul qilinadi, chunki ikkita aminokislota o'xshash xususiyatga ega va tarjima qilingan oqsilni o'zgartirmaydi. Demak, o'xshashlik o'lchovlari ikkita aminokislota qoldig'ining bir-biriga qanchalik bog'liqligi mezonlariga bog'liq.
Bioinformatikada gomologiya va oʻxshashlik oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- Gomologiya va oʻxshashlik bioinformatikada uchraydigan ikkita texnik atamadir.
- Bundan tashqari, ikkala atama ham ketma-ketliklarning molekulyar tahliliga tegishli.
Bioinformatikada gomologiya va oʻxshashlik oʻrtasidagi farq nima?
Gomologiya ikkita ketma-ketlikning umumiy evolyutsion ajdodlari haqidagi bayonotni anglatadi, o'xshashlik esa ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlik darajasini bildiradi. Shunday qilib, bu bioinformatikadagi homologiya va o'xshashlik o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, homologiyani hisoblash mumkin emas, chunki u to'g'ri yoki noto'g'ri bo'lishi mumkin va odatda gipotezaga bog'liq bo'lib, o'xshashlikni ma'lum bir hizalanish uzunligidagi o'xshash qoldiqlarning ulushi sifatida osongina hisoblash mumkin. Demak, bu bioinformatikadagi homologiya va o'xshashlik o'rtasidagi sezilarli farq.
Quyidagi infografikada bioinformatikadagi homologiya va oʻxshashlik oʻrtasidagi farq koʻrsatilgan.
Xulosa – Bioinformatikadagi gomologiya va oʻxshashlik
Qisqasi, bioinformatikadagi homologiya va o'xshashlik o'rtasidagi asosiy farq ularning ta'riflarida yotadi. Gomologiya - bu ikkita ketma-ketlikning umumiy evolyutsion nasl-nasabi haqidagi bayonot, o'xshashlik esa ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlikdir. Gomologiya ortologlar, paraloglar va ksenologlar tufayli yuzaga keladi. O'xshashlikni chiqarishda FastA, BLAST va LALIGN kabi algoritmlardan foydalanish mumkin. Gomologiyani hisoblash sifatida ifodalab bo'lmaydi, lekin o'xshashlikni ma'lum bir hizalanish uzunligidagi o'xshash qoldiqlarning foizi sifatida ifodalash mumkin. Shunday qilib, bu bioinformatikadagi homologiya va o'xshashlik o'rtasidagi farqning qisqacha mazmuni.
