Asosiy farq – RAPD va RFLP
Genetik belgilar molekulyar biologiyada individlar va turlar oʻrtasidagi genetik oʻzgarishlarni aniqlash uchun ishlatiladi. Tasodifiy kuchaytirilgan polimorf DNK (RAPD) va cheklash fragment uzunligi polimorfizmi (RFLP) laboratoriyalarda muntazam ravishda qo'llaniladigan ikkita muhim molekulyar markerdir. RAPD qisqa va ixtiyoriy oligonükleotid primerlari bilan amalga oshiriladi va u organizmning DNK shablonidagi bir nechta joylashuvning tasodifiy kuchaytirilishiga asoslangan. RFLP o'ziga xos cheklovchi endonukleaza bilan amalga oshiriladi va natijada cheklash fragmentlari va gibridizatsiya polimorfizmiga asoslanadi. RAPL va RFLP o'rtasidagi asosiy farq shundaki, RAPD oldindan ketma-ketlik ma'lumotisiz bajariladigan PCR texnikasining bir turi bo'lib, RFLP esa PCRda ishtirok etmaydi va texnikani bajarish uchun ketma-ketlik bo'yicha oldingi bilimlarni talab qiladi.
RAPD nima?
RAPD molekulyar biologiyada foydali molekulyar markerdir. Bu tez va oson texnika. RAPD maqsadli DNK shablonining bir nechta joylarini tasodifiy kuchaytirish natijasida polimorfik DNK ketma-ketligini keltirib chiqaradigan usul sifatida aniqlanishi mumkin. RAPD PCR kuchaytirilishi uchun ixtiyoriy ketma-ketliklarga ega qisqa oligonükleotid primerlardan foydalanadi. Primerlar ketma-ketlikni oldindan bilmasdan sun'iy ravishda sintezlanadi. Shuning uchun u oson va foydali texnika hisoblanadi.
Quyidagi asosiy qadamlar RAPD bilan bogʻliq.
- Maqsadli DNK ekstraktsiyasi
- Tasodifiy tanlangan primerlar yordamida maqsadli DNKning bir nechta joylarini kuchaytirish
- Kuchli PCR mahsulotlarining gel elektroforezi
- Etidiy bromid bilan bo'yash va polimorfizmni aniqlash
Birlamchi tavlanishning oʻzgarishi natijasida kuchaytirish jarayonida turli uzunlikdagi turli fragmentlar hosil boʻladi. Demak, jellardagi tasma naqshlari odamlar va turlar orasida farq qiladi. Shunday qilib, RAPD identifikatsiya va differentsiatsiyada organizmlar o'rtasidagi genetik o'zgarishlarni aniqlash imkonini beradi.
RAPD molekulyar biologiyaning turli tadqiqotlarida qoʻllaniladi, masalan, yaqin turlar oʻrtasidagi genetik farqni aniqlash, gen xaritalash, DNK barmoq izini olish, irsiy kasalliklarni aniqlash va hokazo.
01-rasm: RAPD
RFLP nima?
Cheklash fragmenti uzunligi polimorfizmlari (RFLPs) molekulyar biologiyada gomologik DNK ketma-ketliklarida genetik oʻzgarishlarni aniqlash uchun ishlatiladigan molekulyar markerdir. Bu DNK barmoq izlari uchun ishlab chiqilgan birinchi genetik markerdir. Barcha organizmlar o'ziga xos cheklovchi fermentlar bilan cheklanganida noyob DNK profillarini ishlab chiqaradi. RFLP shaxslarning noyob DNK profillarini ishlab chiqarish va ular orasidagi genetik o'zgarishlarni aniqlashda muhim vosita bo'lib xizmat qiladi. DNK namunalari o'ziga xos cheklash endonukleazlari bilan hazm qilinganda, u har bir shaxsga xos bo'lgan turli xil DNK profillarini beradi. Shu sababli, ushbu usulning printsipi gomologik DNKni o'ziga xos cheklash fermentlari bilan cheklash va gel elektroforezi va blotlash orqali fragment uzunligi polimorfizmini tahlil qilish orqali organizmlar orasidagi genetik o'zgaruvchanlikni aniqlashdir. Blotting naqshlari har bir organizm uchun o'ziga xosdir va o'ziga xos genotiplarni tavsiflaydi.
Quyidagi qadamlar RFLP bilan bogʻliq.
- Namunalardan yetarli miqdorda DNK ajratish
- DNK namunalarini maxsus cheklovchi endonukleazlar bilan qisqa ketma-ketlikka parchalanishi
- Olingan boʻlaklarni turli uzunlikdagi agaroz gel elektroforezi yordamida ajratish.
- Jel profilini janubiy blotting orqali membranaga o'tkazish
- Membranani etiketli zondlar bilan gibridlashtirish va har bir profildagi fragment uzunligi polimorfizmini tahlil qilish
RFLP turli xil ilovalarga ega: irsiy kasalliklar diagnostikasi, genom xaritasi, sud-tibbiyot ekspertizasidagi jinoiy identifikatsiya, otalikni tekshirish va hokazo.
02-rasm: RFLP genotiplash
RAPD va RFLP oʻrtasidagi farq nima?
RAPD va RFLP |
|
| RAPD tasodifiy primerlar va PCRga asoslangan molekulyar marker. | RFLP turli uzunlikdagi cheklov fragmentlarini ishlab chiqarishga asoslangan molekulyar marker. |
| Majburiy namuna | |
| Kichik DNK namunalari RAPD tahlili uchun yetarli. | RFLP tahlili uchun katta miqdorda ekstraksiya qilingan DNK namunasi talab qilinadi. |
| Vaqt | |
| RAPD tez jarayon. | RFLP koʻp vaqt talab qiladigan jarayon. |
| Primerdan foydalanish | |
| Tasodifiy primerlar ishlatiladi va bir xil primerlar turli turlar uchun ishlatilishi mumkin. | Turga xos zondlar RFLPda duragaylash uchun ishlatiladi. |
| Ishonchlilik | |
| Texnikning ishonchliligi RFLP bilan solishtirganda kamroq. | RFLP ishonchli texnikadir. |
| Blotting | |
| RAPD janubiy dog'larni o'z ichiga oladi. | Southern blotting - RFLPning bir qadamidir. |
| Allelik oʻzgarishlarni aniqlash | |
| Allelik oʻzgarishlarni RAPD orqali aniqlab boʻlmaydi. | Allelik oʻzgarishlarni RFLP orqali aniqlash mumkin. |
| ketma-ketlik bilimiga ehtiyoj | |
| RAPD avvaldan ketma-ketlikni bilishni talab qilmaydi. | Probni loyihalash uchun avvaldan ketma-ketlik bilimi talab qilinadi. |
| PCR | |
| PCR RAPD bilan ishtirok etadi | PCR RFLP bilan bogʻliq emas. |
| Reproduktivlik | |
| RAPD past takrorlanishi mumkin | RFLP RAPD bilan solishtirganda yuqori takrorlanishiga ega. |
Xulosa – RAPD va RFLP
RAPD va RFLP molekulyar biologiyada ishlatiladigan muhim markerlardir. Ikkala usul ham organizmlar orasidagi genetik o'zgaruvchanlikni aniqlashga qodir. RAPD tasodifiy primerlar yordamida amalga oshiriladi. RFLP maxsus cheklash fermentlari yordamida amalga oshiriladi. Ikkala usul ham alohida organizmlarga xos bo'lgan DNK profillarini ishlab chiqaradi. RAPD RFLP ga qaraganda bir necha bosqichlarni o'z ichiga oladi. Ammo u RFLP ga qaraganda kamroq ishonchli va takrorlanadigan natijalar beradi. Bu RAPD va RFLP o'rtasidagi asosiy farq.
