Asosiy farq – AFLP va RFLP
DNK tadqiqotlari filogenetik munosabatlarni tushunish va aniqlashda, genetik kasalliklarni tashxislashda va organizm genomlarini xaritalashda katta ahamiyatga ega. DNK tahlili bilan bog'liq bo'lgan bir qancha usullar noma'lum DNK hovuzidagi ma'lum bir gen yoki DNK ketma-ketligini aniqlash uchun ham qo'llaniladi. Ular molekulyar belgilar sifatida tanilgan. Kuchaytirilgan fragment uzunligi polimorfizmi (AFLP) va chegaralangan fragment uzunligi polimorfizmi (RFLP) organizmlar orasidagi genetik o'zgarishlarni aniqlash uchun molekulyar biologiyada ishlab chiqilgan ikkita molekulyar marker (usul). Ikkala usul ham bir xil darajada muhim va afzalliklari va kamchiliklariga ega. AFLP va RFLP o'rtasidagi asosiy farq shundaki, AFLP hazm qilingan DNKning selektiv PCR amplifikatsiyasini o'z ichiga oladi, RFLP esa DNK fragmentlarining selektiv PCR kuchaytirilishini o'z ichiga olmaydi.
AFLP nima?
AFLP (Amplifified Fragment Length Polimorphism) molekulyar biologiyada muhim vosita boʻlib, genetik oʻzgarishlarni tahlil qilishda keng qoʻllaniladi. AFLP parchalangan genomik DNKning o'ziga xos PCR amplifikatsiyasiga va gel elektroforezi orqali avtoradiograflar tomonidan polimorfizmni aniqlashga asoslangan. AFLP o'simliklar, hayvonlar, bakteriyalar va zamburug'lar kabi turli qirolliklarning shtammlari yoki yaqin turlardagi genetik farqlarni aniqlashga keng hissa qo'shadi. AFLP oz miqdorda noma'lum DNK namunalari bilan amalga oshirilishi mumkin. Bu zondlar ketma-ketligi haqida oldindan ma'lumot va dizaynni talab qilmaydi.
AFLP bosqichlari
- DNK izolyatsiyasi
- DNKni cheklovchi endonukleazlar bilan hazm qilish
- Cheklangan DNK fragmentlarini adaptorlar bilan bog'lash
- Maxsus cheklash joylari bilan fragmentlarni tanlab kuchaytirish
- PZR mahsulotlarini gel elektroforez bilan ajratish
- Jel matritsasining avtoradiograf yordamida vizualizatsiyasi
AFLP - bu DNK ketma-ketligi haqida oldindan ma'lumotga ega bo'lmagan holda, zamburug'lar, bakteriyalar, o'simliklar va hayvonlar kabi bir nechta taksonlarning DNK profilini aniqlashda foydalanish mumkin bo'lgan sezgir va takrorlanadigan usul. Bu juda sezgir tabiati tufayli populyatsiyalardagi shaxslar o'rtasidagi kichik farqlarni aniqlashga yordam beradi. AFLP genom xaritalash, sud-tibbiy tadqiqotlar, ota-onalar testi, genotiplash va hokazolarda ham muhim ahamiyatga ega.
01-rasm: AFLP
RFLP nima?
Cheklash fragmenti uzunligi polimorfizmlari (RFLPs) gomologik DNK ketma-ketligidagi genetik oʻzgarishlarni aniqlash uchun foydalaniladigan usuldir. Bu DNK profilini aniqlash uchun ishlab chiqilgan birinchi usul. Organizmlar noyob DNK barmoq izlari yoki DNK profillariga ega. RFLP tur ichidagi yoki yaqindan bog'liq bo'lgan organizmlarning DNK profillari orasidagi o'zgarishlarni tahlil qilish uchun muhim vosita bo'lib xizmat qiladi, chunki gomologik ketma-ketliklar ma'lum bir organizmga xos bo'lgan turli cheklash joylariga (joylashuvlariga) ega. Gomologik DNK o'ziga xos cheklovchi endonukleazlar bilan hazm qilinganda, bu har bir shaxsga xos bo'lgan turli xil DNK profillarini keltirib chiqaradi. Shu sababli, ushbu usulning printsipi gomologik DNKni o'ziga xos cheklash fermentlari bilan cheklash va gel elektroforezi va blotlash orqali fragment uzunligi polimorfizmini tahlil qilish orqali organizmlar orasidagi genetik o'zgaruvchanlikni aniqlashdir. Blotting naqshlari har bir organizm uchun o'ziga xosdir va o'ziga xos genotiplarni tavsiflaydi.
RFLP bosqichlari
- Namunalardan yetarli miqdorda DNK ajratish
- DNK namunalarini maxsus cheklovchi endonukleazlar bilan qisqa ketma-ketlikka parchalanishi
- Olingan boʻlaklarni turli uzunlikdagi agaroz gel elektroforezi yordamida ajratish.
- Jel profilini janubiy blotting orqali membranaga o'tkazish
- Membranani etiketli zondlar bilan gibridlashtirish va har bir profildagi fragment uzunligi polimorfizmini tahlil qilish
RFLP kasallikning irsiyligini aniqlash va oila a'zolari orasida kasallikning paydo bo'lish xavfini aniqlashda juda muhim usuldir. RFLP genom xaritalashda, sud-tibbiyotda jinoyatchilarni aniqlashda, otalikni tekshirishda va hokazolarda tez-tez ishlatiladi. RFLP ham bir qancha cheklovlarga ega. RFLP gibridizatsiya uchun zondlarni loyihalash uchun ketma-ketlik ma'lumotlarini oldindan bilishni talab qiladi. Shuningdek, tahlil qilish uchun namunadan yetarli miqdorda DNK ajratilishi talab etiladi, bu sud-tibbiyot ekspertizasida qiyin.
01-rasm: RRFLP xaritalash
AFLP va RFLP oʻrtasidagi farq nima?
ALFP va RFLP |
|
| AFLP hazm qilingan DNKni tanlab PCR bilan kuchaytirishni oʻz ichiga oladi. | RFLP, PCR-RFLP bo'lmasa, PCRni o'z ichiga olmaydi. |
| ketma-ketlik bilimi | |
| Avvalgi ketma-ketlikni bilish shart emas. | Loyihalangan RFLP problari uchun avvaldan ketma-ketlik bilimi talab qilinadi. |
| Ishonchlilik | |
| Bu ishonchliroq. | Bu AFLP bilan solishtirganda kamroq ishonchli. |
| Polimorfizmni aniqlash samaradorligi | |
| Bu RFLPga qaraganda polimorfizmni aniqlashda yuqori samaradorlikka ega. | Bu AFLP bilan solishtirganda unchalik samarali emas. |
| Narxi | |
| Bu RFLP bilan solishtirganda biroz qimmat. | Bu AFLP bilan solishtirganda arzonroq. |
| Ilovalar | |
| AFLPs genom xaritalash, DNK barmoq izlari, genetik xilma-xillikni oʻrganish, otalikni aniqlash va sud-tibbiyotda qoʻllanilgan | RFLP tahlili genom xaritalash, genetik kasalliklar uchun genlarni lokalizatsiya qilish, kasallik xavfini aniqlash va otalikni aniqlashda muhim vositadir. |
Xulosa – AFLP va RFLP
AFLP va RFLP molekulyar biologiyada xilma-xillikni baholash va genetik munosabatlarni baholash uchun genetik belgilar sifatida ishlatiladigan ikkita usuldir. AFLP RFLPga qaraganda organizmlar orasidagi genetik polimorfizmni aniqlashda samarali va sezgir usul bo'lib xizmat qiladi. Biroq, bu ikkala usul ham irsiy o'zgarishlarni aniqlashda har xil samaradorlikka ega bo'lsa-da, ular hali ham DNK barmoq izlari va kasalliklar diagnostikasi uchun qo'llaniladi.
