Asosiy farq – toʻmtoq va yopishqoq uchli ligatsiya
Cheklash endonukleazlari ikki zanjirli DNKni (dsDNK) kesuvchi maxsus fermentlardir. Ular molekulyar biologiyada molekulyar qaychi sifatida ham tanilgan. Cheklash fermentlari tanib olish joylari deb nomlanuvchi dsDNKning o'ziga xos qisqa ketma-ketliklarini taniy oladi va qo'sh iplarni ochish uchun fosfodiester va vodorod aloqalarini ajratadi. Ushbu fermentlar tomonidan parchalanish natijasida DNK bo'laklari yopishqoq uchlari va to'mtoq uchlari kabi turli xil uchlari bilan ishlab chiqariladi. DNK ligazasi molekulyar biologiyada yangi bog'lanishlar hosil qilish orqali DNKning ikkita qo'shni iplarini birlashtirish uchun ishlatiladigan fermentdir. Bosqich ligatsiya deb nomlanadi va bog'langan DNK uchining turiga ko'ra ularni to'mtoq uchi va yopishqoq uchi ligatsiyasi deb atash mumkin. To'mtoq va yopishqoq uchini bog'lash o'rtasidagi asosiy farq shundaki, to'mtoq uchini bog'lash ikkita to'mtoq uchini o'z ichiga olgan DNK bo'laklari o'rtasida sodir bo'ladi, yopishqoq uchi esa 5 'va 3' o'simtalar orasida sodir bo'ladi. To‘mtoq uchini bog‘lash bilan solishtirganda, yopishqoq uchini bog‘lash samaraliroq va barqaror.
Blunt end ligatsiya nima?
Ba'zi cheklovchi endonukleazlar DNKni qarama-qarshi asoslarda kesib, to'mtoq uchli DNK parchalarini hosil qilishi mumkin. Bu fermentlar to'mtoq uchi kesuvchilar sifatida tanilgan; ular to'g'ridan-to'g'ri cheklash joyining o'rtasiga qadar bir ipli osilgan asoslarni qoldirmasdan yopishadi. To'mtoq uchlari osilib turmaydigan uchlar sifatida ham tanilgan, chunki ularning uchlarida 3' va 5' osilgan asoslari yo'q. Ikkala ip ham to'mtoq uchlari bilan asosiy juftlikdan tugaydi. Keng tarqalgan kesuvchi fermentlar EcoRV HaeIII, AluI va SmaI hisoblanadi.
Toʻmtoq uchi ikki toʻmtoq uch oʻrtasida bogʻlanadi. Bu chiqadigan asoslarni bog'lash emas. Ushbu ligatsiya yopishqoq uchiga qaraganda kamroq samaralidir. Biroq, ba'zi hollarda, to'mtoq uchini bog'lash, ayniqsa, PCR mahsulotlarini bog'lashda, yopishqoq uchidan ko'ra foydaliroq bo'ladi. PCR mahsulotlari har doim to'mtoq uchlari bilan ishlab chiqariladi. To'mtoq uchini bog'lash uchun DNKda qo'shimcha uchlar kerak emas.
01-rasm: Eco RV fermenti tomonidan to'mtoq ishlab chiqarish
Yopishqoq ligatsiya nima?
Ba'zi cheklovchi endonukleazlar dsDNKni kesishga qodir va oxirida bitta zanjirli DNKning osilgan qismini qoldiradi. Ushbu uchlar yopishqoq yoki osilgan uchlar deb nomlanadi. Yopishqoq uchini bog'lash mos keladigan o'simtalarni o'z ichiga olgan ikkita DNK bo'lagi o'rtasida sodir bo'ladi, chunki yopishqoq uchlari juftlashtirilmagan asoslarga ega va bog'lanish hosil qilish uchun qo'shimcha asoslarni talab qiladi. Demak, mos bog'lovchi bo'laklarni hosil qilish uchun DNKning ikkala manbasi uchun bir xil cheklovchi fermentdan foydalanish kerak.
Yopishqoq uchini bog'lash samaraliroq va ko'pincha klonlash jarayonlarida juda ma'qul. Yopishqoq uchlarini hosil qiluvchi bir nechta cheklovchi fermentlar mavjud. Ular EcoRI, BamHI, HindIII va boshqalar.
02-rasm: Eco RI fermenti tomonidan yopishqoq yakuniy ishlab chiqarish
Blunt va Sticky End Ligation oʻrtasidagi farq nima?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Toʻmtoq uchi ikkita toʻmtoq uchi DNK fragmentlari oʻrtasida sodir boʻladi. | Yopishqoq uchi yopishqoq uchlari boʻlgan ikkita mos keladigan DNK fragmentlari orasida sodir boʻladi. |
| Fermentlar | |
| Toʻmtoq uchlari toʻmtoq uchlarini hosil qiladi. | Yopishqoq uchlari yopishqoq yoki birikkan uchlarini hosil qiladi. |
| Muvofiqlik tugashi talabi | |
| Bu mos keladigan qismlar yoki qoʻshimcha asoslarni talab qilmaydi. | Asosiy juftlarni hosil qilish uchun uchlarida qoʻshimcha asoslar boʻlishi kerak. |
| Effektivlik | |
| Bu yopishqoq uchini bog'lashdan kamroq samarali | Bu toʻmtoq uchidan koʻra samaraliroq. |
Xulosa – Toʻmtoq va yopishqoq uchli ligatsiya
Cheklash endonukleazlari dsDNKni parchalash va turli uchli DNK fragmentlarini ishlab chiqarishga qodir. Ular ma'lum ketma-ketlikni taniydilar va yopishqoq va to'mtoq uchlarini hosil qiluvchi DNKni cheklaydilar. Yopishqoq uchlari bo'laklarning oxirida juftlashtirilmagan asoslarga ega. To'mtoq uchlari to'g'ri yorilish tufayli hosil bo'ladi va ularning uchlarida tayanch juftlari mavjud. Yopishqoq uchini bog'lash ikkita bir-birini to'ldiruvchi bir zanjirli DNK bo'lagini talab qiladi. To'mtoq uchini bog'lash har qanday ikkita to'mtoq uch bo'laklari orasida sodir bo'ladi. Bu to'mtoq va yopishqoq bog'lash o'rtasidagi farq.
