Asosiy farq – Mikroarray va RNK ketma-ketligi
Transkriptom mRNK, rRNK, tRNK, buzilgan RNK va parchalanmagan RNKni o'z ichiga olgan hujayradagi RNKning butun tarkibini ifodalaydi. Transkriptomani profillash hujayra tushunchalarini tushunish uchun muhim jarayondir. Transkriptom profilini aniqlashning bir necha ilg'or usullari mavjud. Mikroarray va RNK ketma-ketligi transkriptomni tahlil qilish uchun ishlab chiqilgan ikki turdagi texnologiyalardir. Mikroarray va RNK ketma-ketligi o'rtasidagi asosiy farq shundaki, mikroarray maqsadli cDNK ketma-ketliklari bilan oldindan ishlab chiqilgan etiketli zondlarning gibridlanish potentsialiga asoslanadi, RNK ketma-ketligi esa NGS kabi ilg'or ketma-ketlik texnikasi yordamida cDNK zanjirlarini to'g'ridan-to'g'ri ketma-ketlashtirishga asoslangan. Mikroarray ketma-ketliklar haqida oldindan ma'lumot bilan amalga oshiriladi va RNK ketma-ketligi ketma-ketliklar haqida oldindan ma'lumotsiz amalga oshiriladi.
Mikroarray nima?
Mikroarray olimlar tomonidan transkriptom profilini yaratishda qoʻllaniladigan mustahkam, ishonchli va yuqori oʻtkazuvchanlik usulidir. Bu transkript tahlilining eng mashhur usuli. Bu gibridizatsiya problariga bog'liq bo'lgan arzon usul.
Texnik namunadan mRNKni ajratib olish va umumiy RNKdan cDNK kutubxonasini qurish bilan boshlanadi. Keyin u floresan yorliqli oldindan ishlab chiqilgan problar bilan qattiq sirtda (nuqta matritsasi) aralashtiriladi. Qo'shimcha ketma-ketliklar mikroarraydagi etiketli zondlar bilan gibridlanadi. Keyin mikroarray yuviladi va ekranlanadi va tasvir miqdori aniqlanadi. Nisbiy ifoda profillarini olish uchun toʻplangan maʼlumotlarni tahlil qilish kerak.
Mikroarray zondlarining intensivligi namunadagi transkriptlar soniga proportsional deb hisoblanadi. Biroq, texnikaning to'g'riligi ishlab chiqilgan zondlarga, ketma-ketlikni oldindan bilishga va zondlarning duragaylash uchun yaqinligiga bog'liq. Shunday qilib, mikroarray texnologiyasi cheklovlarga ega. Mikroarray texnikasi kam miqdordagi transkriptlar bilan amalga oshirilmaydi. U izoformlarni ajrata olmaydi va genetik variantlarni aniqlay olmaydi. Bu usul zondlarning duragaylanishiga bog'liq bo'lganligi sababli, gibridlanish bilan bog'liq ba'zi muammolar, masalan, o'zaro gibridlanish, nospesifik duragaylash va hokazolar mikroarray texnikasida yuzaga keladi.
01-rasm: Mikromassiv
RNK ketma-ketligi nima?
RNK sekvensiyasi (RNK ketma-ketligi) yaqinda ishlab chiqilgan butun transkriptom sekvensiyasi texnikasi. Bu transkriptom profilini yaratishning tez va yuqori o'tkazuvchanlik usuli. Bu to'g'ridan-to'g'ri genlarning ifodasini aniqlaydi va transkriptomani chuqur o'rganishga olib keladi. RNK ketma-ketligi oldindan ishlab chiqilgan zondlarga yoki ketma-ketliklarni oldindan bilishga bog'liq emas. Shuning uchun RNK ketma-ketligi usuli yuqori sezuvchanlik va yangi genlar va genetik variantlarni aniqlash qobiliyatiga ega.
RNK tartiblash usuli bir necha bosqichda amalga oshiriladi. Hujayraning umumiy RNKsi ajratilgan va bo'lingan bo'lishi kerak. Keyin teskari transkriptaza yordamida cDNK kutubxonasini tayyorlash kerak. Har bir cDNK zanjiri adapterlar bilan bog'langan bo'lishi kerak. Keyin bog'langan bo'laklarni kuchaytirish va tozalash kerak. Nihoyat, NGS usuli yordamida cDNK ketma-ketligi amalga oshirilishi kerak.
02-rasm: RNK ketma-ketligi
Mikroarray va RNK ketma-ketligi oʻrtasidagi farq nima?
Mikroarray va RNK ketma-ketligi |
|
| Mikroarray - mustahkam, ishonchli va yuqori oʻtkazuvchanlik usuli. | RNK ketma-ketligi aniq va yuqori ishlab chiqarish usulidir. |
| Narxi | |
| Bu arzon usul. | Bu qimmat usul. |
| Koʻp sonli namunalar tahlili | |
| Bu bir vaqtning oʻzida koʻp sonli namunalarni tahlil qilishni osonlashtiradi. | Bu koʻp sonli namunalarni tahlil qilishni osonlashtiradi. |
| Ma'lumotlarni tahlil qilish | |
| Ma'lumotlarni tahlil qilish murakkab. | Ushbu usulda koʻproq maʼlumotlar ishlab chiqariladi; shuning uchun jarayon ancha murakkab. |
| Keyingiliklar haqida oldindan ma'lumot | |
| Bu usul duragaylash zondlariga asoslangan, shuning uchun ketma-ketliklar haqida oldindan ma'lumot talab qilinadi. | Bu usul oldingi ketma-ketlik bilimiga bogʻliq emas. |
| Tuzilish oʻzgarishlari va yangi genlar | |
| Bu usul strukturaviy oʻzgarishlar va yangi genlarni aniqlay olmaydi. | Ushbu usul genlarni birlashtirish, muqobil splayslash va yangi genlar kabi strukturaviy oʻzgarishlarni aniqlashi mumkin. |
| Sezuvchanlik | |
| Bu izoformlar ifodasidagi farqlarni aniqlay olmaydi, shuning uchun uning sezgirligi cheklangan. | Bu yuqori sezuvchanlikka ega. |
| Natija | |
| Bu faqat nisbiy ifoda darajalariga olib kelishi mumkin. Bu gen ifodasining mutlaq miqdorini bermaydi. | Bu mutlaq va nisbiy ifoda darajalarini beradi. |
| Ma'lumotlarni qayta tahlil qilish | |
| Buni qayta tahlil qilish uchun qayta ishga tushirish kerak. | Ma’lumotlarning ketma-ketligi qayta tahlil qilinishi mumkin. |
| Muayyan kadrlar va infratuzilmaga ehtiyoj | |
| Mikroarray uchun maxsus infratuzilma va xodimlar kerak emas. | RNK ketma-ketligi uchun zarur boʻlgan maxsus infratuzilma va xodimlar. |
| Texnik muammolar | |
| Mikroarray texnikasida oʻzaro gibridizatsiya, nospetsifik duragaylash, alohida zondlarning cheklangan aniqlash tezligi va boshqalar kabi texnik muammolar mavjud. | RNK ketma-ketligi texnikasi oʻzaro gibridizatsiya, oʻziga xos boʻlmagan duragaylash, alohida zondlarning cheklangan aniqlash tezligi va boshqalar kabi texnik muammolardan qochadi. |
| Xonaliklar | |
| Bu bir tomonlama usul, chunki u duragaylashga bogʻliq. | Mikroarray bilan solishtirganda past. |
Xulosa – Mikroarray va RNK ketma-ketligi
Mikroarray va RNK ketma-ketligi usullari transkriptom profilini yaratish uchun ishlab chiqilgan yuqori oʻtkazuvchanlik platformalaridir. Ikkala usul ham gen ekspresyon profili bilan yuqori darajada bog'liq bo'lgan natijalarni beradi. Biroq, RNK ketma-ketligi gen ekspressiyasini tahlil qilish uchun mikroarrayga nisbatan afzalliklarga ega. RNK ketma-ketligi mikroarrayga qaraganda past miqdordagi transkriptlarni aniqlash uchun sezgirroq usuldir. RNK ketma-ketligi, shuningdek, izoformlar o'rtasidagi farqlash va gen variantlarini aniqlash imkonini beradi. Biroq, mikroarray ko'pchilik tadqiqotchilarning umumiy tanlovidir, chunki RNK ketma-ketligi ma'lumotlarni saqlash muammolari va murakkab ma'lumotlarni tahlil qilish bilan yangi va qimmat texnikadir.
