Asosiy farq – Prob va Primer
Molekulyar prob - bu DNK yoki RNKdagi qo'shimcha ketma-ketliklarni taniydigan va maqsadli ketma-ketlikni aniqlash imkonini beruvchi kichik DNK yoki RNK fragmenti. Primer - bu DNK sintezi uchun boshlang'ich nuqta bo'lib xizmat qiladigan DNK yoki RNKning kichik qismi. Primerlar va zondlar shablon DNK yoki maqsadli DNKning komplementar nukleotidlari bilan gibridlanadi. Biroq, prob va primer o'rtasidagi asosiy farq shundaki, primerlar DNK replikatsiyasi uchun zarur, zondlar esa namuna DNKidagi o'ziga xos ketma-ketliklarni aniqlash uchun zarurdir.
Zard nima?
Zard DNK yoki RNKning kichik boʻlagi boʻlib, molekulyar gibridizatsiya orqali namunadagi maqsadli DNK yoki RNKni aniqlash uchun ishlatiladi. Ular molekulyar belgilar sifatida ham tanilgan. Probning uzunligi har xil bo'lishi mumkin (100 dan 1000 tagacha) va zond nukleotidlari maqsadli ketma-ketlikning bir qismini to'ldiradi. Aniqlash qulayligi uchun zondlar radioaktiv izotoplar yoki floresan bo'yoqlar yoki antikorlar bilan etiketlanadi. Problar maqsadli ketma-ketlikning to'ldiruvchi asoslari bilan bog'lanadi va namunada maqsadli DNK yoki RNK mavjudligini aniqlaydi. Problarni yorliqlashning ikkita asosiy usuli mavjud: oxirgi etiketlash va nikni tarjima qilish. Problar turli xil turlarga bo'linadi, jumladan DNK problari, RNK zondlari, cDNa problari va sintetik oligonukleotidlar zondlari va ular turli usullar yordamida tayyorlanadi.
Zondlar virusologiya, sud-tibbiyot patologiyasi, otalikni aniqlash, DNK barmoq izini aniqlash, genetik kasalliklarni aniqlash, RFLP, molekulyar sitogenetika, in situ gibridizatsiya va boshqalar kabi ko'plab mikrobial va molekulyar sohalarda muhim vositadir.
01-rasm: FISH da patogenni aniqlash uchun ishlatiladigan lyuminestsent yorliqli prob
Primer nima?
Primer - bu qisqa DNK yoki RNK fragmenti bo'lib, DNK sintezi uchun tashabbuskor bo'lib xizmat qiladi. DNK polimeraza fermenti primer ketma-ketligining 3' OH guruhiga nukleotidlarni qo'shadi va DNK shablonini to'ldiruvchi yangi zanjirni sintez qiladi. Primerlar uzunligi 18 dan 20 gacha nukleotidlar bo'lgan juda qisqa bo'laklardir. Ular in vitro DNKni kuchaytirish (PCR) uchun laboratoriyada kimyoviy sintez qilinadi. Primerlar nukleotidlarning har qanday ketma-ketligiga ega bo'lishi mumkin, chunki ular foydalanuvchi tomonidan ishlab chiqilgan. Ular DNK shablonining komplementar asoslari bilan mos ravishda sintezlanadi. Shuning uchun u nukleotidlarning har qanday ketma-ketligiga ega bo'lishi mumkin. Primerlar DNK replikatsiyasi uchun juda katta ahamiyatga ega, chunki DNK polimeraza DNKning oldindan mavjud bo'lagisiz yangi DNKni sintez qila olmaydi. PCR uchun primerlarni loyihalashda quyidagi narsalarni hisobga olish kerak:
- Primerlar DNKning koʻpaytirmoqchi boʻlgan yon tomoniga qoʻshimcha nukleotidlarni oʻz ichiga olishi kerak.
- Primerlar erish harorati 55 – 65 orasida boʻlishi kerak 0C
- G va C tarkibi 50-60% orasida boʻlishi kerak.
Ikki primer PCRda DNK namunasining ikkala ipini takrorlash uchun oldinga va teskari sifatida ishlatiladi. Primerlar odatda PCR va DNK ketma-ketligini amalga oshirish uchun ishlatiladi.
02-rasm: PCRda primerni yumshatish
Prob va Primer oʻrtasidagi farq nima?
Prob va Primer |
|
| Zard DNK/RNKning kichik boʻlagi boʻlib, molekulyar duragaylash yoʻli bilan namunadagi maqsadli ketma-ketlik mavjudligini aniqlash uchun ishlatiladi. | Primer bu DNK yoki RNKning kichik qismi boʻlib, u DNK replikatsiyasi uchun boshlangʻich nuqta boʻlib xizmat qiladi. |
| Funksiya | |
| Bu DNK yoki RNK namunasida muayyan ketma-ketlik mavjudligini aniqlaydi. | Bu DNK sintezi uchun boshlangʻich nuqta boʻlib xizmat qiladi. |
| Uzunlik | |
| Uzunlik 100 – 1000 baza oraligʻida boʻlishi mumkin | Uzunlik odatda taxminan 18-20 tayanch |
| Toʻldiruvchi ketma-ketlik bilan bogʻlash | |
| Zend maqsadli ketma-ketlikning qoʻshimcha asoslari bilan gibridlanadi | Primer DNK zanjirlarining komplementar asoslari bilan tavlanadi. |
| Etiklash | |
| Problar aniqlash qulayligi uchun etiketlangan | Astarlar odatda yorliqlanmaydi |
| PCRda foydalanish | |
| Problar PCRda ishlatilmaydi | Primerlar PCRda ishlatiladi |
Xulosa – Prob va Primer
Zard DNK yoki RNK ketma-ketligining kichik boʻlagi boʻlib, namunadagi maqsadli ketma-ketlikni aniqlash uchun komplementar nukleotidlar bilan gibridlanishi mumkin. Problar maqsadli ketma-ketlikning mavjudligini ko'rish uchun radioaktiv, immunologik yoki lyuminestsent tarzda etiketlanadi. Primer juda kichik DNK yoki RNK fragmenti bo'lib, u in vitro DNKni kuchaytirish uchun boshlang'ich nuqta bo'lib xizmat qiladi. DNK polimeraza 3' OH guruhi primerini aniqlaydi va shablonni to'ldiruvchi yangi ipni qurishni boshlaydi. Problar va primerlar komplementar nukleotidlar bilan gibridlanish orqali xuddi shunday ishlaydi. Shunday qilib, prob va primer o'rtasidagi asosiy farq ularning asosiy funktsiyasidir.
