Golden Gate va Gibson Assambleyasi oʻrtasidagi asosiy farq shundaki, Golden Gate klonlash uchun maʼlum bir ketma-ketlikda cheklash joylari mavjudligiga tayanadi, Gibson Assambleyasi esa maʼlum bir ketma-ketlikda cheklash saytlari mavjudligiga tayanmaydi. klonlash.
Oxirgi oʻn yilliklarda molekulyar olimlar bir nechta DNK fragmentlarini bir boʻlakka osonroq yigʻish imkonini beruvchi turli standartlashtirilgan protseduralarni ishlab chiqdilar. Shu sababli, cheklash fermenti ligatsiyasi, shlyuzni klonlash, Gibson assambleyasi, Golden Gate assambleyasi va TOPO klonlash kabi klonlash usullari tadqiqotchilar tomonidan ilmiy tajribalarda keng qo'llaniladi. Shuning uchun, Golden Gate va Gibson Assembly ikkita molekulyar klonlash usuli bo'lib, ular bir nechta DNK fragmentlarini bitta bo'lakka yig'ish imkonini beradi.
Golden Gate Assambleyasi nima?
Golden Gate – molekulyar klonlash usuli boʻlib, bir nechta DNK boʻlaklarini bitta boʻlakka yigʻishni osonlashtiradi. Bu usul klonlanadigan ma'lum bir ketma-ketlikda cheklash joylari mavjudligiga tayanadi. U 1996 yilda paydo bo'lgan. Bu usulda IIS tipidagi cheklovchi fermentlar va T4 DNK ligazasi qo'llaniladi. Ushbu fermentlar DNKni tanib olish joylaridan tashqarida kesib tashlaydi. Ular palindromik bo'lmagan o'simtalarni yaratishi mumkin. Shunday qilib, DNKning bir nechta fragmentlarini o'ta o'zgaruvchan ketma-ketliklarning kombinatsiyasi yordamida yig'ish mumkin.
01-rasm: Oltin darvoza
Oltin darvoza yig'ilish tartibi
Golden Gate texnikasi oʻz protsedurasida uchta asosiy bosqichdan iborat:
- klonlash vektorida haddan tashqari osmalarni yaratish,
- parchalanishlarda fragmentga xos ketma-ketliklardan foydalangan holda bir nechta DNK qoʻshimchalarini yigʻish va
- ligatsiya.
Golden Gate majmuasi dumaloq klonlash vektorlaridan foydalanadi (maqsad vektori). Bundan tashqari, ushbu usulda bir vaqtning o'zida hazm qilish va bog'lashni amalga oshirish uchun bog'langan mahsulotdan cheklash joyi yo'q qilinadi. Golden Gate uchun odatiy termal tsikl protokoli 37 °C va 16 °C orasida tebranadi, chunki 37 °C cheklash fermentlari uchun, 16 °C esa ligazalar uchun optimal hisoblanadi.
Gibson Assambleyasi nima?
Gibson Assambleyasi molekulyar klonlash usuli boʻlib, bir nechta DNK fragmentlarini bitta boʻlakka yigʻishga imkon beradi. Oltin darvoza usulidan farqli o'laroq, bu usul klonlanadigan ma'lum bir ketma-ketlikdagi cheklash joylari mavjudligiga tayanmaydi. Uni J. Kreyg Venter institutidan Daniel G. Gibson topdi. Bu usul ketma-ketlik va ligazadan mustaqil klonlash (SLIC) usulining bir turi.
02-rasm: Gibson assambleyasi
Gibsonni yig'ish tartibi
Gibson Assambleyasi qoʻshni DNK fragmentlari bilan bir-biriga yopishgan 20-40 ta asos juftini oʻz ichiga olgan DNK fragmentlariga muhtoj. O'zaro bog'lanishlar PCR orqali qo'shiladi. Keyin bu DNK fragmentlari uchta fermentga ega bo'lgan Gibson maser aralashmasiga qo'shiladi. Ushbu protsedura izotermik sharoitda (1 soat davomida 50 ° C) uchta turli fermentlar yordamida amalga oshiriladi: ekzonukleaza, DNK polimeraza va DNK ligaza. Eksonukleaza DNKni 5' uchidan chaynadi. Shunday qilib, u polimeraza faolligini inhibe qilmaydi va reaktsiyani bitta jarayonda davom ettirishga imkon beradi. Qo'shni DNK bo'laklarida hosil bo'lgan bir ipli hududlar bir-biriga o'xshash ketma-ketliklar tufayli tavlanishi mumkin. DNK polimeraza nukleotidlarni qo'shish orqali bo'shliqlarni to'ldiradi. Nihoyat, DNK ligaza kovalent tarzda qo'shni segmentlarning DNKsiga qo'shiladi. Odatda, Gibson Assambleyasi chiziqli maqsadli vektorlardan foydalanadi. Bundan tashqari, bu usul ketma-ketlik oʻxshashligi asosida bir vaqtning oʻzida 15 tagacha DNK fragmentlarini birlashtirishi mumkin.
Golden Gate va Gibson Assambleyasi oʻrtasidagi oʻxshashliklar
- Golden Gate va Gibson Assambleyasi ikkita molekulyar klonlash usulidir.
- Ikkala usul ham bir nechta DNK fragmentlarini bitta bo'lakka yig'ishi mumkin.
- Bu usullarda maqsad vektorlardan foydalaniladi.
- Ikkala usul ham bir nechta DNK fragmentlarini yigʻish uchun termal siklatorlardan foydalanadi.
- Ular saytga yoʻn altirilgan mutagenezda qoʻllaniladi.
Oltin darvoza va Gibson assambleyasi oʻrtasidagi farq
Golden Gate molekulyar klonlash usuli boʻlib, bir nechta DNK fragmentlarini klonlash uchun maʼlum bir ketma-ketlikda cheklash joylari mavjudligiga asoslanadi, Gibson Assembly esa molekulyar klonlash usulidir. klonlash uchun ma'lum bir ketma-ketlikda cheklash joylari mavjudligiga tayanmasdan bir nechta DNK fragmentlarini bitta bo'lakka yig'ish. Bu Oltin darvoza va Gibson Assambleyasi o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, Golden Gate usuli dumaloq maqsad vektoridan, Gibson Assembly usuli esa chiziqli yoʻnalish vektoridan foydalanadi.
Quyidagi infografikada Golden Gate va Gibson Assambleyasi oʻrtasidagi farq berilgan.
Xulosa – Oltin darvoza va Gibson Assambleyasi
Molekulyar klonlash - bu rekombinant DNK molekulalarini yig'ish va ularning xost organizmlari ichida replikatsiyasini yo'n altirish uchun ishlatiladigan usul. Oltin darvoza va Gibson assambleyasi ikkita molekulyar klonlash usuli bo'lib, ular bir nechta DNK parchalarini bitta bo'lakka yig'ishga imkon beradi. Oltin darvoza usuli klonlanadigan ma'lum bir ketma-ketlikda cheklash joylari mavjudligiga tayanadi, Gibson Assambleyasi esa klonlanadigan ma'lum bir ketma-ketlikda cheklash joylari mavjudligiga tayanmaydi. Shunday qilib, bu Golden Gate va Gibson Assambleyasi o'rtasidagi asosiy farq.
