Tasodifiy primerlar va oligo dT oʻrtasidagi asosiy farq shundaki, tasodifiy primer barcha mumkin boʻlgan geksamer oligonükleotid ketma-ketliklarining aralashmasidir, oligo dT primeri esa 12–18 deoksitimidinlarning bir ipli choʻzilishidan iborat.
Teskari transkripsiya - cDNK ni mRNK yoki RNKning istalgan turi yordamida sintez qilish mexanizmi. cDNK ishlab chiqarish uchun teskari transkriptaza fermenti va boshqa kerakli komponentlar, ayniqsa shablon va primerlar bilan ta'minlanishi kerak. Primerlar - bu maqsadli ketma-ketlikni kuchaytirish uchun maxsus mo'ljallangan qisqa DNK ketma-ketliklari. Tasodifiy primerlar va oligo dT primerlari teskari transkripsiyada ishlatiladigan ikkita umumiy turdagi primerlardir. Shuning uchun tasodifiy primer yoki oligo dT primeri teskari transkripsiyani boshlash uchun teskari transkriptaza uchun zarur bo'lgan qisqa DNK oligonükleotid ketma-ketligidir. RNK shabloniga qarab, mos primer ushbu ikki primer turidan tanlanishi mumkin.
Tasodifiy astarlar nima?
Tasodifiy primer barcha mumkin boʻlgan geksamer ketma-ketliklarini ifodalovchi oligonükleotidlar aralashmasidir. Tasodifiy primerning primer ketma-ketligi 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T yoki C. Shuning uchun tasodifiy primerlar DNK polimeraza yoki teskari transkriptaza yordamida bir zanjirli DNK yoki RNKni kuchaytirish uchun ishlatilishi mumkin, mos ravishda. Bundan tashqari, tasodifiy primer aralashmasi cDNK hosil qilish uchun RNKning barcha hududlarini kuchaytirishga qodir. Shunday qilib, u turli uzunlikdagi cDNK hosil qiladi.
01-rasm: Tasodifiy astarlar
Eng muhimi, tasodifiy astar aralashmasi shablonning o'ziga xosligini ko'rsatmaydi. U mRNK va boshqa RNK turlarini ajrata olmaydi. Va u namunadagi RNKning har qanday turi bilan tavlanadi. Biroq, tasodifiy primer aralashmasi rRNK, tRNK, kodlanmaydigan RNKlar, kichik RNKlar, prokaryotik mRNK va boshqalar, buzilgan RNK va ma'lum ikkilamchi tuzilishga ega RNK kabi poli(A) dumlari bo'lmagan RNKlarning teskari transkripsiyasi uchun javob beradi.
Oligo dT nima?
Oligo dT primeri 12-18 deoksitimin (dT) dan iborat. Primer ketma-ketligi 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 sifatida ifodalanishi mumkin. U poli(A) dumini o'z ichiga olgan mRNKdan cDNK ishlab chiqarish uchun ishlatiladi. Asosan, u teskari transkriptaza bilan katalizlangan reaktsiya uchun primer vazifasini bajaradi. Teskari transkripsiya paytida oligo dT primeri ko'pchilik eukaryotik mRNKlarning 3' uchida joylashgan poliadenillangan dum bilan tavlanadi va jarayonni boshlaydi.
02-rasm: Oligo dT Primer yordamida teskari transkripsiya
Tasodifiy primerdan farqli oʻlaroq, oligo dT primeri degradatsiyaga uchragan RNK yoki poli(A) dumlari boʻlmagan RNK, jumladan prokaryotik RNK va mikroRNK uchun mos emas.
Tasodifiy primerlar va Oligo dT oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- Tasodifiy primer va oligo dT primer ikki turdagi primer boʻlib, ular teskari transkripsiyada va cDNKni yaratishda ishlatiladi.
- Tasodifiy primer va oligo dT primerini birgalikda ishlatish cDNK sintezining sezgirligini oshiradi.
- Ular bir ipli qisqa nukleotidlar ketma-ketligidir.
Tasodifiy primerlar va Oligo dT oʻrtasidagi farq nima?
Tasodifiy primer tasodifiy ketma-ketlikdan tashkil topgan qisqa oligonukleotidlar ketma-ketligidir. Shu bilan birga, oligo dT primeri 12 dan 18 gacha deoksitimidinlardan tashkil topgan qisqa ipdir. Shunday qilib, bu tasodifiy primerlar va oligo dT o'rtasidagi asosiy farq. Tasodifiy primer ketma-ketligi 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T yoki C. Holbuki, oligo dT primer ketma-ketligi 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´. Shuning uchun biz buni tasodifiy primerlar va oligo dT o'rtasidagi yana bir farq deb hisoblashimiz mumkin.
Bundan tashqari, tasodifiy primerlar shablon oʻziga xosligini koʻrsatmaydi va ular RNKning har qanday turi bilan tavlanadi, oligo dT primerlari esa eukaryotik mRNKning poli(A) dumlari uchun oʻziga xoslikni koʻrsatadi.
Quyidagi infografikada tasodifiy primerlar va oligo dT oʻrtasidagi farq jamlangan.
Xulosa – Tasodifiy astarlar va Oligo dT
Tasodifiy primer va oligo dT primeri cDNK sintezida ishlatiladigan ikki turdagi primerdir. Tasodifiy primer barcha mumkin bo'lgan geksamer ketma-ketliklarini ifodalovchi oligonükleotidlar aralashmasidan iborat, oligo dT primeri esa 12 dan 18 gacha deoksitimidinlarning bir qatorli ketma-ketligidir. Shunday qilib, bu tasodifiy primerlar va oligo dT o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, oligo dT primerlari poli(A) dumli RNKning to'liq uzunlikdagi teskari transkripsiyasi uchun foydalidir, tasodifiy primerlar esa ko'pchilik RNK turlarini, shu jumladan, degradatsiyaga uchragan RNK, poli(A) dumlari bo'lmagan RNK va RNKni o'z ichiga olgan teskari transkripsiya uchun foydalidir. ikkilamchi tuzilmalar. Shu sababli, tasodifiy primer shablonga xosligini ko'rsatmaydi, oligo dT primeri esa poli(A) dumini o'z ichiga olgan eukaryotik mRNKga nisbatan o'ziga xoslikni ko'rsatadi.
