Oʻxshashlik va ketma-ketlikni moslashtirishdagi oʻxshashlik oʻrtasidagi asosiy farq shundan iboratki, oʻxshashlik ikki xil ketma-ketlik oʻrtasidagi oʻxshashlik (oʻxshashlik), identifikatsiya esa ikki xil ketma-ketlik oʻrtasida aynan mos keladigan belgilar sonidir.
Bioinformatika fanlararo fan sohasi boʻlib, u asosan molekulyar biologiya va genetika, informatika, matematika va statistikani oʻz ichiga oladi. Ketma-ketlikni tekislash bioinformatikadagi asosiy atamadir. Bu ketma-ketliklar orasidagi funktsional, strukturaviy yoki evolyutsion munosabatlarning natijasi bo'lgan o'xshashlik hududlarini aniqlash uchun DNK, RNK yoki oqsil ketma-ketliklarini tartibga solish jarayonidir. Hizalama oxirida ular matritsa ichidagi qatorlar sifatida taqdim etiladi. Ketma-ket ustunlardagi bir xil belgilarni tekislash uchun qoldiqlar orasiga boʻshliqlar kiritiladi.
Oʻxshashlik nima?
Tartibni tekislashdagi o'xshashlik ikki ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlikdir. Bu fakt ketma-ketliklarning identifikatoriga bog'liq. O'xshashlik qoldiqlarning qay darajada mos kelishini tasvirlaydi. Demak, o'xshash ketma-ketliklar o'xshash xususiyatlarga ega. Bioinformatikada oʻxshashlik ikki oqsil oʻrtasidagi oʻxshashlikni baholash vositasidir.
01-rasm: ketma-ketlikni moslashtirishda oʻxshashlik
Tezlashtirish jarayonini ketma-ketlashtirish uchun ikkita asosiy qadam mavjud. Dastlabki qadam BLAST, FastA va LALIGN kabi algoritmlardan foydalangan holda ikkita ketma-ketlik (jumladan, bo'shliqlar) o'rtasida optimal moslashishni topishga yordam beradigan juftlik bilan tekislashdir. Mos keladigan algoritm tahrirlash operatsiyalarining minimal sonini topadi; bir ketma-ketlikni boshqa ketma-ketlikka moslashtirish uchun in-dels va almashtirishlar. Juftlik bilan tekislashdan so'ng, har bir juftlik taqqoslashdan ikkita miqdoriy parametrni olish kerak. Ular oʻziga xoslik va oʻxshashlik.
Identifikatsiya nima?
Tartibni tekislashda identifikatsiya - bu ikki xil ketma-ketlik oʻrtasida toʻliq mos keladigan belgilar soni. Shunday qilib, shaxsni baholashda bo'shliqlar hisobga olinmaydi. O'lchov ikkita ketma-ketlik orasidagi qisqaroq ketma-ketlikka bog'liq deb hisoblanadi. Bu ketma-ketlik identifikatori tranzitiv bo'lmagan ta'sirga ega ekanligini sezilarli darajada anglatadi. Agar X=Y va Y=Z bo'lsa, X Z ga teng bo'lishi shart emas. Bu identifikatsiya masofasi o'lchovi nuqtai nazaridan chiqariladi.
02-rasm: ketma-ketlikda identifikatsiya
Masalan, Xda AAGGCTT, Yda AAGGC va Zda AAGGCAT ketma-ketligi mavjud. X va Y o'rtasidagi o'ziga xoslik 100% {5 bir xil nukleotidlar/min[uzunlik(X), uzunlik(Y)]}. Y va Z o'rtasidagi identifikatsiya ham 100% ni tashkil qiladi. Ammo X va Z o'rtasidagi o'xshashlik atigi 85% {(6 ta bir xil nukleotid / 7)}.
Kartma-ketlikda oʻxshashlik va oʻxshashlik oʻrtasida qanday oʻxshashliklar bor?
- Oʻxshashlik va oʻxshashlik biz ketma-ketlikda ishlatadigan ikkita atamadir.
- Shuningdek, ular ikkita ketma-ketlik oʻrtasidagi oʻxshashlikka ishora qiladi.
- Bundan tashqari, biz ularni foiz sifatida ifodalaymiz.
Kartma-ketlikdagi oʻxshashlik va oʻxshashlik oʻrtasidagi farq nima?
Tizalanishdagi oʻxshashlik solishtirganda ikki ketma-ketlik oʻrtasidagi oʻxshashlikni bildiradi, ketma-ketlikni tekislashdagi identifikatsiya esa ikki xil ketma-ketlik oʻrtasida aynan mos keladigan belgilar miqdorini bildiradi. Shuning uchun, bu ketma-ketlikni moslashtirishdagi o'xshashlik va identifikatsiya o'rtasidagi asosiy farqdir.
Xulosa – Oʻxshashlik va ketma-ketlikni moslashtirishdagi oʻxshashlik
Sekanslarni moslashtirish ketma-ketliklar orasidagi funktsional, strukturaviy yoki evolyutsion munosabatlar tufayli kelib chiqqan DNK, RNK yoki oqsildagi oʻxshashlik hududlarini aniqlashga yordam beradi. Demak, o'xshashlik va o'ziga xoslik ketma-ketlikni moslashtirish kontekstida ikkita asosiy atamadir. Ushbu ikki atama o'rtasidagi asosiy farq shundaki, o'xshashlik taqqoslashda ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlikdir, identifikatsiya esa ikki xil ketma-ketlik o'rtasida aniq mos keladigan belgilar soni. Shunday qilib, bu ketma-ketlikni tekislashda o'xshashlik va o'xshashlik o'rtasidagi farqning xulosasi.
