Asosiy farq – Maksam Gilbert va Sanger ketma-ketligi
Nukleotidlar DNKning asosiy tarkibiy birliklari va qurilish bloklaridir. DNK molekulasi polinukleotid zanjiridan iborat. DNKda to'rt xil nukleotid mavjud. Bu nukleotidlar A (adenin), G (guanin), C (sitozin), T (timin) nomli to'rt xil azotli asoslardan iborat. DNK molekulasidagi nukleotidlarning tartibi katta ahamiyatga ega, chunki u organizmlarning o'sishi va rivojlanishi uchun muhim genetik ma'lumotni kodlaydi. DNK ketma-ketligi DNKning aniq nukleotidlar ketma-ketligini aniqlaydigan jarayonni anglatadi. DNK sekvensiyasining turli usullari mavjud. Maxam Gilbert sekvensiyasi va Sanger DNK ketma-ketligi birinchi avlod sekvensiyasiga tegishli bo'lgan DNK ketma-ketligining ikkita usulidir. Maxam Gilbert sekvensiyasi protsedurasi to'rt nukleotidning har birida va jel elektroforezida afzallik bilan 5' uchi etiketli DNK bo'laklarini kimyoviy yo'l bilan ajratib, asosiy ketma-ketlikni aniqlaydi. Sanger sekvensiyasi protsedurasi DNK polimeraza va dideoksinukleotidlar va gel elektroforez yordamida bir zanjirli DNKni sintez qilish orqali nukleotidlar ketma-ketligini aniqlaydi. Bu Maxam Gilbert va Sanger Sequencing o'rtasidagi asosiy farq.
Maksam Gilbert ketma-ketligi nima?
Maksam Gilbert sekvensiyasi, shuningdek, kimyoviy ketma-ketlik usuli sifatida ham tanilgan, DNKdagi nukleotidlar tartibini aniqlash uchun ishlab chiqilgan usul. Ushbu usul 1976 yilda V alter Gilbert va Alan Maksam tomonidan kiritilgan va uni to'g'ridan-to'g'ri tozalangan DNK bilan bajarish mumkinligi sababli mashhur bo'ldi. Maxam Gilbert usuli DNK sekvensiyasining birinchi avlodiga tegishli bo'lib, olimlar tomonidan keng qo'llaniladigan birinchi sekvensiya usuli edi.
Ushbu usulning asosiy printsipi 01-rasmda ko'rsatilganidek, aniq asoslarda yakuniy etiketli DNK bo'laklarini bazaga xos kimyoviy moddalar va shartlar bilan cheklash va etiketli bo'laklarni elektroforez bilan ajratishdan iborat. jeldagi ularning o'lchamlariga. Parchalar etiketlanganligi sababli, DNK molekulasining ketma-ketligini osongina aniqlash mumkin.
Maksam Gilbert usuli DNKni ma'lum bazalarda sindirish uchun bazaga xos kimyoviy moddalardan foydalanadi. Dimetil sulfat va gidrazin nomli ikkita umumiy kimyoviy moddalar mos ravishda purinlar va pirimidinlarga tanlab hujum qilish uchun ishlatiladi.
Maksam Gilbert ketma-ketlik usuli bir necha bosqichda amalga oshiriladi.
- DNK ketma-ketligini cheklovchi endonukleazlar yordamida tozalash
- Radioaktiv fosfatlar qoʻshish orqali DNK boʻlaklarining uchlarini belgilash
- Etiklangan boʻlaklarni etiketlanmagan boʻlaklardan jel elektroforezi orqali tozalash
- Oxirgi etiketli DNKni to'rtta naychaga ajratish va asosiy kimyoviy moddalar bilan alohida ishlov berish
- Har bir trubaning tarkibini jelda alohida chiziqlarda elektroforez qilish va ularning uzunligi bo'yicha bo'laklarni ajratish.
- Fragmentlarni avtoradiograf yordamida aniqlash.
01-rasm: Maxam Gilbert ketma-ketligi
Sanger ketma-ketligi nima?
Sanger Sequencing - bu berilgan DNK fragmentining asosiy ketma-ketligini aniqlash uchun 1977 yilda Frederik Sanger va uning hamkasblari tomonidan ishlab chiqilgan ketma-ketlik usuli. U zanjirni tugatish tartibi yoki Dideoksi sekvensiyasi usuli sifatida ham tanilgan. Ushbu usul zanjir hosil bo'lishini to'xtatish uchun bitta zanjirli DNK sintezi jarayonida DNK polimeraza tomonidan ddGTP, ddCTP, ddATP va ddTTP kabi zanjirni tugatuvchi dideoksinukleotidlarni (ddNTPs) tanlab birlashtirish printsipi asosida ishlaydi. Dideoksinukleotidlarda qo'shni nukleotid bilan fosfodiester aloqalarini hosil qilish uchun 3' OH guruhlari yo'q. Shunday qilib, ddNTP sanger sekvensiyasi paytida yangi hosil bo'lgan ipga kiritilgandan so'ng, ip shakllanishi to'xtaydi.
Ushbu usulda to'rtta alohida DNK sintez reaktsiyasi (PCR) bir turdagi ddNTP bilan to'rtta alohida naychada amalga oshiriladi. PCR uchun naychalar uchun boshqa talablar ham taqdim etiladi, shu jumladan primerlar, dNTPlar, Taq polimeraza, o'ziga xos shartlar va boshqalar. To'rtta aralash to'rtta trubkada to'rtta alohida reaktsiyalar amalga oshiriladi. PCR reaktsiyalaridan so'ng, hosil bo'lgan DNK fragmentlari issiqlik bilan denatüre qilinadi va gel elektroforez bilan ajratiladi. Keyin bo'laklar 02-rasmda ko'rsatilganidek, yorliqli (radioaktiv yoki lyuminestsent) primer yoki dNTP yordamida vizualizatsiya qilinadi.
02-rasm: Sanger ketma-ketligi
Maksam Gilbert va Sanger Sequencing oʻrtasidagi farq nima?
Maksam Gilbert va Sanger ketma-ketligi |
|
| Maksam Gilbert sekvensiyasi DNK sekvensiyasi uchun ishlab chiqilgan birinchi texnikadir. | Sanger ketma-ketlik usuli Maxam Gilbert ketma-ketlik usulidan keyin joriy qilingan. |
| Foydalanish | |
| Bu usul kamdan-kam qo'llaniladi. | Sanger ketma-ketligi tartiblash uchun muntazam ishlatiladi. |
| Xavfli kimyoviy moddalardan foydalanish | |
| U xavfli kimyoviy moddalardan foydalanadi. | Xavfli kimyoviy moddalardan foydalanish Maxam Gilbert usuliga nisbatan cheklangan. |
| Aniqlash uchun etiketlash | |
| Bu usulda DNK parchalari uchlarini belgilash uchun radioaktiv P32 ishlatiladi. | Sanger ketma-ketligi radioaktiv yoki lyuminestsent yorliqli ddNTPlardan foydalanadi. |
Xulosa – Maksam Gilbert va Sanger ketma-ketligi
Maksam Gilbert va Sanger sekvensiyasi birinchi avlod DNK sekvensiyasi ostida keladigan DNK tartiblash texnikasining ikki turidir. Maxam Gilbert sekvensiyasi 1976 yilda DNK ketma-ketligi uchun joriy etilgan birinchi usul bo'lib, u asosga xos kimyoviy moddalar yordamida DNK parchalarini sindirish orqali amalga oshiriladi. Demak, u kimyoviy ketma-ketlik deb nomlanadi. Sanger sekvensiyasi usuli 1977 yilda kiritilgan va ddNTP tomonidan boshqariladigan zanjirni tugatish reaktsiyalariga asoslangan. Maxam Gilbert usulidan ko'ra Sanger ketma-ketligi usuli Maxam Gilbert usulining bir qancha kamchiliklari, masalan, ortiqcha vaqt sarflash, xavfli kimyoviy moddalardan foydalanish va boshqalar tufayli mashhurdir. Bu Maxam Gilbert va Sanger ketma-ketligi o'rtasidagi farq.
