Asosiy farq – Alpha Helix va Beta Pleated Sheet
Alfa spirallari va beta qatlamli varaqlar polipeptid zanjirida eng ko'p topilgan ikkilamchi tuzilmalardir. Ushbu ikkita strukturaviy komponent polipeptid zanjirini katlama jarayonidagi birinchi asosiy qadamlardir. Alpha Helix va Beta Pleated Sheet o'rtasidagi asosiy farq ularning tuzilishida; ular muayyan ishni bajarish uchun ikki xil shaklga ega.
Alpha Helix nima?
Alfa spiral - bu polipeptid zanjiridagi aminokislotalar qoldiqlarining o'ng qo'l bo'lagi. Aminokislota qoldiqlarining diapazoni 4 dan 40 tagacha qoldiqgacha o'zgarishi mumkin. Yuqori bobindagi C=O guruhining kislorodi va pastki bobinning N-H guruhining vodorodi o'rtasida hosil bo'lgan vodorod bog'lari g' altakning bir-biriga bog'lanishiga yordam beradi. Zanjirdagi har to'rtta aminokislota qoldig'iga yuqoridagi tarzda vodorod bog'i hosil bo'ladi. Ushbu bir xil naqsh unga bobinning qalinligi kabi aniq xususiyatlarni beradi va u spiral o'qi bo'ylab har bir to'liq burilish uzunligini belgilaydi. Alfa spiral strukturasining barqarorligi bir qancha omillarga bog'liq.
O atomlari qizil rangda, N atomlari koʻk rangda va vodorod aloqalari yashil nuqtali chiziqlar shaklida
Beta Pleated Sheet nima?
Beta qatlamli varaq, shuningdek, beta varaq sifatida ham tanilgan, oqsillardagi ikkilamchi tuzilishning ikkinchi shakli hisoblanadi. U rasmda ko'rsatilganidek, o'ralgan, burmali varaqni hosil qilish uchun kamida ikki yoki uchta magistral vodorod bog'lari bilan lateral ravishda bog'langan beta iplarni o'z ichiga oladi. Beta zanjiri polipeptid zanjirining cho'zilishi; uning uzunligi odatda 3 dan 10 gacha aminokislotalarga teng, shu jumladan kengaytirilgan tasdiqda magistral.
4-torli antiparallel b varaq fragmenti katalaza fermentining kristall tuzilishidan.
a) qo'shni iplardagi peptid NH va CO guruhlari o'rtasidagi antiparallel vodorod aloqalarini (nuqtali) ko'rsatadi. Oklar zanjir yo'nalishini ko'rsatadi va elektron zichligi konturlari H bo'lmagan atomlarni belgilaydi. Oddiylik uchun O atomlari qizil sharlar, N atomlari ko'k va H atomlari tushirilgan; yon zanjirlar faqat birinchi yon zanjir C atomida ko'rsatiladi (yashil)
b) Markaziy ikkita b ipning chetdan koʻrinishi
Beta qatlamli qatlamlarda polipeptid zanjirlari bir-biri bilan yonma-yon joylashgan. Strukturaning to'lqinga o'xshash ko'rinishi tufayli u "plili choyshab" nomini oladi. Ular bir-biriga vodorod aloqalari bilan bog'langan. Bu struktura polipeptid zanjirini cho‘zish orqali ko‘proq vodorod bog‘larini hosil qilish imkonini beradi.
Alpha Helix va Beta Pleated Sheet o'rtasidagi farq nima?
Alpha Helix va Beta Pleated Sheetning tuzilishi
Alpha Helix:
Ushbu tuzilishda polipeptid magistral spiral struktura sifatida xayoliy o'q atrofida mahkam bog'langan. Bu peptid zanjirining helikoidal joylashuvi sifatida ham tanilgan.
Alfa spiral tuzilishining shakllanishi polipeptid zanjirlari spiralga burilganda sodir bo'ladi. Bu zanjirdagi barcha aminokislotalarning bir-biri bilan vodorod aloqalarini (kislorod molekulasi va vodorod molekulasi o'rtasidagi bog'lanish) hosil qilishiga imkon beradi. Vodorod aloqalari spiralning spiral shaklini ushlab turishiga imkon beradi va qattiq lasan beradi. Bu spiral shakl alfa spiralni juda kuchli qiladi.
Vodorod aloqalari sariq nuqtalar bilan koʻrsatilgan.
Beta Plitali varaq:
Ikki yoki undan ortiq polipeptid zanjir(lar)i bir-biri bilan ustma-ust tushsa, bir-biri bilan vodorod bog'lari qatorini hosil qilganda, quyidagi tuzilmalarni topish mumkin. Bu ikki yo'l bilan sodir bo'lishi mumkin; parallel joylashtirish va antiparallel joylashtirish.
Tuzilishga misollar:
Alpha spiral: tirnoq yoki oyoq tirnoqlarini alfa spiral tuzilishiga misol qilib olish mumkin.
Beta pleated varaq: patlarning tuzilishi beta pliseli varaqning tuzilishiga o'xshaydi.
Tuzilishning xususiyatlari:
Alfa spiral: Alfa spiral tuzilishida spiralning har bir aylanishida 3,6 aminokislotalar mavjud. Barcha peptid aloqalari trans va planar bo'lib, peptid bog'laridagi N-H guruhlari bir xil yo'nalishga ishora qiladi, bu taxminan spiral o'qiga parallel. Barcha peptid bog'larning C=O guruhlari qarama-qarshi yo'nalishga ishora qiladi va ular spiral o'qiga parallel. Har bir peptid bog'ining C=O guruhi peptid bog'ining N-H guruhiga bog'lanib, vodorod bog'ini hosil qiladi. Barcha R-guruhlar spiraldan tashqariga qaratilgan.
Beta qatlamli varaq: beta qatlamli varaqdagi har bir peptid aloqasi tekis va trans-konformatsiyaga ega. Qo'shni zanjirlardagi peptid bog'lanishlarining C=O va N-H guruhlari bir xil tekislikda bo'lib, ular o'rtasida vodorod bog'lanishini hosil qiluvchi bir-biriga qaratilgan. Har qanday zanjirdagi barcha R-guruhlar muqobil ravishda varaq tekisligidan yuqorida va pastda boʻlishi mumkin.
Tanriflar:
Ikkinchi darajali tuzilma: Bu uning asosiy amid va karbonil guruhlari oʻrtasidagi vodorod bogʻlanishi tufayli buklanuvchi oqsil shaklidir.
