Ierarxik va butun genomli ov miltig'i sekvensiyasi o'rtasidagi asosiy farq shundaki, ierarxik ov miltig'i ketma-ketligida genom ketma-ketlikdan oldin kattaroq bo'laklarga bo'linadi, butun genom ov miltig'i sekvensiyasida esa butun genom ketma-ketlik uchun kichik bo'laklarga bo'linadi..
Sekvensiya molekulyar jarayonlarda, ayniqsa turlarni aniq aniqlashda muhim texnika hisoblanadi. Aslida, bu gen yoki genomdagi nukleotidlarning aniq tartibini aniqlash texnikasi. Tartibga solish uchun ko'plab texnikalar mavjud. Ulardan ba'zilari Maksam Gilbert usuli, Sanger usuli va avtomatlashtirilgan Sanger usulini o'z ichiga oladi.
Ierarxik otishma ketma-ketligi nima?
Ierarxik otishmalarni ketma-ketlashtirish ketma-ketlik usullaridan biridir. U "yuqoridan pastga ketma-ketlik" deb ham ataladi. Bundan tashqari, bu usul ikki bosqichdan iborat: birinchi bosqich - genomni kuchaytirish, ikkinchi bosqich - genomni parchalash. Ushbu usulda genom avval katta bo'laklarga bo'linadi. Keyinchalik vektorlar yoki sun'iy xromosomalar yordamida bu katta bo'laklarning turli xostlarga klonlanishi kuzatiladi. Keyin bu rekombinant vektorlar kutubxonaga joylashtiriladi. O'q otishni o'rganish jarayonida rekombinant vektor klonlari alohida ketma-ketlikdan o'tadi. Klonlardagi fragmentlar genom hajmini yanada kamaytirish uchun cheklovchi hazm qilish jarayonidan o'tadi va shu bilan ketma-ketlikdan o'tadi.
01-rasm: otishmaning ierarxik ketma-ketligi
Ierarxik ov miltig'i ketma-ketligi paytida, miltiq ketma-ketligidan oldin, bo'laklarning katta bo'laklari tartibda joylashtirilishi kerak. Bu klonlash jarayonida kiritilgan molekulyar markerlar yordamida amalga oshiriladi.
Ierarxik miltiq ketma-ketligi past aniqlikdagi gen xaritasini yaratadi. Lekin u tartiblangan ketma-ketlik xaritasini yaratadi. Shunday qilib, to'g'ridan-to'g'ri ketma-ketlikdan ko'ra ko'proq vaqt talab etiladi. Rekombinant vektor kutubxonasini yaratish tufayli butun jarayon kechikadi. Bu ham mehnat talab qiladigan texnikami. Biroq, hozirda texnika ishni osonlashtirish uchun avtomatlashtirilgan.
Bütün genom otishma sekvensiyasi nima?
Toʻliq genom ov miltigʻi ketma-ketligi bir bosqichli sekvensiya jarayonidir. Bu jarayonda birinchi navbatda butun genomni kesish sodir bo'ladi. Shundan so'ng, bu kichik bo'laklarning har biri tasodifiy ketma-ketlikdan o'tadi. Sekvensiya tugallangach, ketma-ketliklar tahlili o'tkaziladi. Ketma-ketlikni tahlil qilish jarayonida bir-biriga o'xshash ketma-ketliklar olib tashlanadi va tahlil tartibli jarayon emas. Shuning uchun ketma-ketliklarni yig'ish ierarxik ov miltig'i ketma-ketligiga nisbatan kamroq samarali jarayondir. Biroq, butun genom ov miltig'ini ketma-ketlashtirish jarayoni tezroq va butun genomning tahlili bir misolda amalga oshirilishi mumkin.
Ierarxik va butun genomli otishma sekvensiyasi oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- Ierarxik va butun genomli otishma sekvensiyasi ikkita ketma-ketlik yondashuvidir.
- Ikkalasi ham Sanger sekvensiyasi yoki avtomatlashtirilgan Sanger tartiblash usullaridan oʻtadi.
- Ular DNK va RNK fragmentlarini sekvensiyalashda ishtirok etadilar.
- Bundan tashqari, ikkala usul ham molekulyar diagnostika va tadqiqot maqsadlarida muhim ahamiyatga ega.
- Hozirda ikkala usul ham avtomatlashtirilgan yoki kompyuterga asoslangan.
- Ikkala usul ham genomning parchalanishiga tayanadi.
Ierarxik va butun genomli otishma ketma-ketligi oʻrtasidagi farq nima?
Ierarxik ov miltig'i ketma-ketligi kichik ketma-ketlik bo'laklari bilan ishlaydigan butun genomli ov miltig'i ketma-ketligiga nisbatan kattaroq o'lchamdagi bo'laklarni hosil qiladi. Demak, bu ierarxik va butun genom ov miltig'i ketma-ketligi o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, ierarxik ov miltig'i ketma-ketligi ikkita asosiy bosqichdan iborat bo'lsa, butun genomli miltiq ketma-ketligi bitta asosiy bosqichga tayanadi.
Bundan tashqari, ierarxik va butun genomli ov miltigʻi ketma-ketligi oʻrtasidagi yana bir farq shundaki, aniqlik ierarxik ov miltigʻi ketma-ketligi bilan solishtirganda butun genomli miltiq ketma-ketligida yuqoriroq boʻladi.
Quyidagi infografikada ierarxik va butun genom ov miltigʻi ketma-ketligi oʻrtasidagi farq jamlangan.
Xulosa – ierarxik va butun genomli otishma ketma-ketligi
Ierarxik va butun genomli otishma sekvensiyasi katta genomlarni tartiblashning ikkita usulidir. Ierarxik ov miltig'i ketma-ketligi ikki bosqichli ketma-ketlik jarayoni bo'lib, genom kattaroq bo'laklarga bo'linadi. Bundan farqli o'laroq, butun genom ov miltig'i ketma-ketligi bir bosqichli ketma-ketlik bo'lib, u erda genom kichik bo'laklarga bo'linadi va to'g'ridan-to'g'ri ketma-ketlikda bo'ladi. Shunday qilib, bu ierarxik va butun genom ov miltig'i ketma-ketligi o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, texnik jihatlar ikkita texnikada farq qilishi mumkin.
