Metagenomika va metatranskriptomiya oʻrtasidagi asosiy farq har bir sohada oʻrganilgan biomolekulalar turiga bogʻliq. Metagenomika DNK, uning ketma-ketligi va organizmlardagi xatti-harakatlarini, metatrankriptomika esa transkripsiyalangan DNKni, asosan mRNK ketma-ketligini va uning organizmlardagi xatti-harakatlarini o'rganadi.
Metagenomika va metatranskriptomika mikroblar hamjamiyatiga nisbatan yillar davomida katta mashhurlikka erishgan ikkita sohadir. Ular sog'liqni saqlash, sanoat va qishloq xo'jaligi biotexnologiyasida muhim ahamiyatga ega. Metagenomika ham, metatranskriptomiya ham jamoadagi individual organizmlarni va ularning foydali yoki zararli funktsional rollarini o'rganishga imkon beradi.
Metagenomika nima?
Metagenomika - bu deoksiribonuklein kislotani (DNK) o'rganadigan tadqiqot sohasi. Bu mikroorganizmlar jamoasiga eng mos keladi. Bundan tashqari, bu genomikaga nisbatan ancha rivojlangan soha. Genomikada ma'lum bir organizm DNKsini tahlil qilish amalga oshiriladi. Biroq, metagenomika organizmlar jamoasi bo'ylab genetik materialni tahlil qilishni o'z ichiga oladi. Shunday qilib, bu bitta holat yoki bir muhitga tegishli organizmlar jamoasining xatti-harakatlarini o'rganish imkonini beradi.
01-rasm: Metagenomika
Metagenomikani o'rganishda ishtirok etadigan asosiy texnika - bu mikro-massiv texnologiyasidan foydalanadigan Keyingi avlod ketma-ketligi (NGS). NGS usullari o'ziga xos DNK ketma-ketliklarining mavjudligi yoki yo'qligi uchun bir reaktsiyada bir nechta organizmlarni tahlil qilishi mumkin. Ushbu DNK ketma-ketliklari bitta kasallik holati yoki atrof-muhit holati uchun javobgar bo'lishi mumkin. Demak, metagenomik bilimlardan foydalanib, organizmlarni skriningni oson va aniq bajarish mumkin. NGS davomida ketma-ketlik qisqa o'qishlarda amalga oshiriladi va organizmlar DNKsining profili amalga oshiriladi. 16-sonli DNK ketma-ketligi mikroorganizmlarga tegishli metagenomikada o‘rganiladigan mashhur ketma-ketlikdir.
Organizmlar jamoasining ketma-ketligidan so'ng, ketma-ketliklarni moslashtirish kerak. Tegishlash vazifasini bajarish uchun asosiy mahalliy hizalanish ketma-ketligi vositasi (BLAST) kabi vositalar qo'llaniladi. Moslashtirgandan so'ng, filogenetik daraxt jamiyatdagi har bir organizmning munosabatlarini va uning xatti-harakatlariga oid tafsilotlarni taqdim etadi.
Metatranskriptomika nima?
Metatranskriptomika - bu organizmning transkriptomiyasi bilan shug'ullanadigan tadqiqot sohasi. Transkriptoma DNK transkripsiyasi paytida transkripsiyalangan butun RNK ketma-ketligini tashkil qiladi. Transkriptomada mavjud bo'lgan mRNK ketma-ketligi genetik ifoda haqida ma'lumot beradi. Metatranskriptomiya - bu populyatsiyalar yoki jamoalar bo'yicha bir nechta transkriptomlarni tahlil qilish.
02-rasm: Transkriptom tahlili
Metatranskriptomika tadqiqotlari shuningdek, qisqa oʻqish ketma-ketliklarini topish uchun mikroarray texnologiyalaridan foydalanadi. Bundan tashqari, metatranskriptomika, shuningdek, tekislash vositalari va daraxtlarni loyihalash usullaridan foydalangan holda to'liq bioinformatika tahlilini o'z ichiga oladi. Biroq, metatrankriptomiya sohasi metagenomikaga nisbatan ancha qiyin. mRNK yoki umuman RNKni ajratib olish ko'rinadigan darajada oson emas. RNK halokatga juda moyil bo'lganligi va juda qisqa yashash muddatiga ega bo'lganligi sababli, ularni saqlash va saqlash mumkin bo'lgan so'rov bo'lishi mumkin.
Metagenomika va Metatranskriptomika oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- Metagenomika va metatrankriptomika organizmlar, asosan mikroblar birlashmalarini tahlil qilish uchun yuqori oʻtkazuvchanlik texnikasidir.
- Ikkala usul ham topilmalarni chiqarish uchun mikroarray texnologiyasidan foydalanadi.
- Olingan natijalar odatda BLAST alignment va Filogenetik daraxtlar yordamida tahlil qilinadi.
- Bundan tashqari, ikkala usul ham bir organizmga emas, balki guruh yoki jamoa organizmlariga qaratilgan.
- Bundan tashqari, ikkala tushuncha ham asosan mikroblar bilan bogʻliq holda oʻrganiladi – buning asosiy sababi ularning turli-tuman rollaridir.
Metagenomika va Metatranskriptomika oʻrtasidagi farq nima?
Metagenomika va Metatranskriptomika organizmlar jamoasidagi genetik moddalarni tahlil qilishni o'z ichiga oladi. Shunday qilib, metagenomika DNK naqshlari va ketma-ketliklariga taalluqlidir, metatrankriptomiya esa mRNK yoki transkripsiyalangan DNKni tahlil qiladi. Demak, bu metagenomika va metatranskriptomiya oʻrtasidagi asosiy farq.
Bundan tashqari, ekstraktsiya tartibi ikkala texnikada ham farqlanadi; metagenomika DNKni ekstraksiya qilish protseduralarini o'z ichiga oladi va metatranskriptomiya RNK ekstraktsiyasini o'z ichiga oladi. Demak, bu ham metagenomika va metatranskriptomiya o'rtasidagi sezilarli farqdir.
Quyidagi infografikada metagenomika va metatrankriptomika oʻrtasidagi farq jamlangan:
Xulosa – Metagenomika va Metatranskriptomika
Metagenomika va metatranskriptomiya ma'lum bir holat uchun organizmlar jamoasini tahlil qiladigan yangi tadqiqot sohalaridir. Shunday qilib, metagenomika DNK ketma-ketligini tahlil qilishni anglatadi. Bundan farqli o'laroq, metatranskriptomika RNK ketma-ketligini yoki transkripsiyalangan DNK mahsulotlarini tahlil qilishni anglatadi. Shu munosabat bilan, metatrankriptomika ma'lum bir holat uchun gen ifodasini aniqlash imkonini beradi. Ikkalasi ham mutatsiyalar va ularning ta'sirini tahlil qilishda muhim ahamiyatga ega. Bu oldindan tashxis qo'yishda qo'llaniladigan tezkor va ishonchli usullardir. Shunday qilib, bu metagenomika va metatranskriptomiya o'rtasidagi farqning qisqacha mazmuni.
