Asosiy farq – RT PCR va QPCR
Polimeraza zanjiri reaktsiyasi in vitroda DNKning ma'lum bir hududini kuchaytirish uchun ishlatiladigan usuldir. 1983 yilda Kari Mullis tomonidan ixtiro qilingan ushbu texnika tufayli olimlar tadqiqot maqsadlarida DNKning o'ziga xos qismlarining mingdan millionlab nusxalarini yaratishga qodir. Hozirgi vaqtda u keng ko'lamli ilovalar uchun klinik va tadqiqot laboratoriyalarida keng tarqalgan va muntazam ravishda bajariladigan texnikaga aylandi. RT PCR, ichki PCR, multipleks PCR, Q PCR, RT – QPCR va boshqalar kabi an'anaviy PCR texnikasining o'zgarishlari mavjud. RT PCR va Q PCR PCRning ikkita muhim o'zgarishidir. RT PCR va Q PCR o'rtasidagi asosiy farq shundaki, RT PCR RNKdan qo'shimcha DNK (cDNK) transkriptlarini yaratish orqali gen ekspressiyasini aniqlash uchun ishlatiladi, Q PCR esa lyuminestsent bo'yoqlar yordamida real vaqtda PCR mahsulotlarini miqdoriy o'lchash uchun ishlatiladi.
RT PCR nima?
Teskari transkripsiya polimeraza zanjiri reaktsiyasi (RT PCR) RNK ifodasini aniqlash uchun ishlatiladigan PCR variantidir. Bu to'qimalarda mRNK ifodasini aniqlashning juda muhim usuli. RT PCR namunaning boshlang'ich moddasi RNK bo'lganida qo'llaniladi. RT PCR da shablon mRNK birinchi navbatda komplementar DNKga aylanadi. Ushbu bosqich teskari transkriptaza fermenti tomonidan katalizlanadi va jarayon teskari transkripsiya deb nomlanadi. Ikkinchidan, kuchaytirish uchun yangi sintezlangan cDNK uchun an'anaviy PCR qo'llaniladi.
RT PCR juda sezgir usul boʻlib, nisbatan oz miqdorda RNK namunasini talab qiladi. RT PCR odatda RNK turlarini, xususan, inson immunitet tanqisligi virusi va gepatit C virusi kabi RNK viruslarini diagnostikasi va miqdorini aniqlashda qo'llaniladi.
01-rasm: RT PCR texnikasi
QPCR nima?
Miqdoriy PCR (QPCR) - bu PCR mahsulotlarini miqdoriy o'lchash uchun ishlatiladigan PCR variantidir. U real vaqtda polimeraza zanjiri reaktsiyasi deb ham ataladi, chunki u real vaqtda PCR mashinasi yordamida real vaqtni kuchaytirishni o'lchaydi. Bu namunadagi maqsadli ketma-ketlik yoki gen miqdorini aniqlash uchun mos usul. QPCR ning qiziqarli xususiyati shundaki, u ham kuchaytirish, ham haqiqiy miqdorni bir bosqichda birlashtiradi. Shuning uchun aniqlashda jel elektroforeziga bo'lgan ehtiyoj QPCR texnikasi bilan bartaraf etilishi mumkin. QPCR, PCR reaktsiyalari paytida PCR mahsulotlarini belgilash uchun floresan bo'yoqlardan foydalanadi, bu esa oxir-oqibat to'g'ridan-to'g'ri miqdorni aniqlashga olib keladi. PCR mahsulotlari to'planganda, lyuminestsent signallar ham to'planadi va u real vaqt mashinasi bilan o'lchanadi. QPCR RT PCR bilan birlashtirilishi mumkin. U RT - QPCR yoki QRT - PCR sifatida tanilgan va hujayralar yoki to'qimalarda RNK darajasini aniqlashning eng kuchli, sezgir va miqdoriy usuli hisoblanadi.
SYBR Green va Taqman - real vaqtda PCRni kuchaytirish jarayonini aniqlash yoki kuzatish uchun qo'llaniladigan ikkita usul. SYBR Green usuli SYBR yashil deb ataladigan lyuminestsent bo'yoq yordamida amalga oshiriladi va ikki zanjirli DNK hosil qilish uchun bo'yoqni bog'lash orqali kuchaytirilishini aniqlaydi. Taqman ikki yorliqli zondlar yordamida amalga oshiriladi va 02-rasmda ko'rsatilganidek, zondning Taq polimeraza tomonidan degradatsiyasi va floroforning chiqishi orqali kuchaytirilishini aniqlaydi. Ikkala usul ham kuchaytirish jarayonining borishini kuzatib boradi va real vaqt rejimida mahsulot miqdori haqida xabar beradi..
Real vaqtdagi PCR gen ekspressiyasini aniqlash, mikroRNK va kodlanmagan RNK tahlili, SNP genotiplash, nusxa soni variantlarini aniqlash, noyob mutatsiyalarni aniqlash, genetik jihatdan o'zgartirilgan organizmlarni aniqlash, yuqumli agentlarni aniqlash kabi keng ko'lamli ilovalarga ega. va hokazo.
02-rasm: Kantitativ PCR texnikasi
RT PCR va QPCR o'rtasidagi farq nima?
RT PCR va QPCR |
|
| RT PCR - gen ekspressiyasini kuchaytirish orqali aniqlash uchun ishlatiladigan usul. | QPCR bu DNKni kuchaytiruvchi va real vaqtda PCR mahsulotlarini miqdorini aniqlaydigan texnikadir. |
| Teskari transkriptaza fermentining ishtiroki | |
| Teskari transkriptaza fermenti RT PCR uchun ishlatiladi. | Teskari transkriptaza fermenti QPCR uchun ishlatilmaydi. |
| Flüoresan yorliqli molekulalardan foydalanish | |
| Flüoresan yorliqli boʻyoqlar yoki zondlar RT PCR uchun ishlatilmaydi. | Flüoresan yorliqli bo'yoqlar yoki problar QPCR uchun ishlatiladi. |
| PCR mahsulotining miqdorini aniqlash | |
| Agar QPCR bilan birlashtirilmasa, RT PCR PCR mahsulotini aniqlamaydi. | QPCR PCR mahsulotini miqdoriy o'lchash. |
| Boshlash materiali | |
| Boshlash materiali mRNK. | Boshlash materiali DNK. |
| CDNK sintezi | |
| Komplementar DNK RT PCR paytida ishlab chiqariladi. | QPCR jarayonida qoʻshimcha DNK hosil boʻlmaydi. |
Xulosa – RT PCR va QPCR
RT PCR va QPCR an'anaviy PCRning ikkita versiyasidir. RT PCR texnikasi mRNK namunalari uchun amalga oshiriladi va u teskari transkripsiya va cDNK ishlab chiqarish orqali boshqariladi. QPCR lyuminestsent bo'yoqlar yoki yorliqli zondlar yordamida real vaqtda PCR termal davrlarida PCR mahsulotlarini miqdorini aniqlash uchun ishlatiladi. QPCRda PCR mahsuloti miqdori namuna tomonidan chiqarilgan lyuminestsent signallar bilan ifodalanadi. RT PCR keng tarqalgan bo'lib kuchaytirish jarayoni sifatida ishlatiladi, QPCR esa odatda miqdoriy jarayon sifatida ishlatiladi. Bu RT PCR va QPCR o'rtasidagi farq.
