Contig va iskala oʻrtasidagi asosiy farq shundaki, kontigda boʻshliqlar yoʻq, iskala esa kontiglar va boʻshliqlardan iborat.
Ko'p hujayrali organizmlarning genomlarini ketma-ketlashtirish bir hujayrali organizmlarning ketma-ketligiga nisbatan juda qiyin. Butun genom ov miltig'ini sekvensiyasi ko'p hujayrali genomlar uchun oson va tez genom sekvensiyasi texnikasidir. Bu bir-biriga o'xshash ko'plab DNK fragmentlarini parallel ravishda ketma-ketlashtiradigan usul. Ushbu usulda kichik bo'laklar kompyuter yordamida kattaroq bo'laklarga, keyin esa kattaroq kontiglarga yig'iladi. Keyin kontiglar iskalalarga va nihoyat xromosomaga yig'iladi. Shuning uchun kontig - bu nukleotidlar ketma-ketligining uzluksiz cho'zilishi, iskala esa genomning kontiglar va bo'shliqlardan iborat qismidir. Ham kontig, ham iskala qayta tiklangan genomik ketma-ketliklardir.
Contig nima?
Contig genomik ketma-ketlikdir. Bu A, C, G va T asoslaridan tashkil topgan uzluksiz ketma-ketlikdir. U bir-biriga o'xshash bir nechta kichik DNK bitlarini uzoqroq ketma-ketlikda birlashtirish orqali hosil bo'ladi. Oddiy so'zlar bilan aytganda, contig - bu ketma-ketlik bo'laklari to'plami. Contig yaratish ketma-ketliklarning bir-biriga oʻxshash uchlarini aniqlaydigan mahalliy qatorlarni moslashtirish va tekislash usullariga asoslangan bir-biriga oʻxshash ketma-ketlik qismlarini aniqlashni oʻz ichiga oladi.
Contiglarda boʻshliqlar yoʻq. Bu iskala qismidir. Iskala yaratishda kontiglar bir-biriga zanjirlanadi. Bu genomdagi kontiglarning nisbiy joylashuvi va yo'nalishi haqida qo'shimcha ma'lumot talab qiladi. Bo'shliqlar iskaladagi kontiglarni ajratib turadi. Asosan, kontigni yig'ish butun genom ov miltig'ini sekvensiyasida muhim qadamdir. Contiglar nihoyat to'liq genomik ketma-ketlikda yig'iladi. Contig montaji odatda qatorlarni moslashtirish va ketma-ketlikni moslashtirish algoritmlarini tushunishni talab qiladi.
Iskala nima?
Iskala - bu butun genomli ov miltig'i klonlarining oxiri ketma-ketligidan qayta tiklangan genomik ketma-ketlik. Strukturaviy ravishda, iskala kontiglar va bo'shliqlardan iborat. Shuning uchun, iskala kontiglarni bir-biriga bog'lash va ularni bo'shliqlar bilan ajratish orqali yaratiladi. Iskala yaratish genomdagi kontiglarning nisbiy joylashuvi va yo'nalishi haqida ma'lumotga muhtoj. Butun genomli ov miltig'i yig'ilishi har bir genomik ketma-ketlikni bitta skafoldda ifodalashga qaratilgan. Biroq, bu mutlaqo mumkin emas. Demak, bitta xromosoma bir nechta iskala bilan ifodalanishi mumkin. Ba'zida iskala bir-birining ustiga chiqishi mumkin. Bundan tashqari, ba'zi iskalalarni yig'ish paytida filtrlash mumkin.
02-rasm: Butun genomli ov miltigʻi yigʻilishining umumiy koʻrinishi
Iskala bo'shlig'ining uzunligi uning haqiqiy uzunligini ko'rsatmaydi. Odatda, bo'shliqlar o'zboshimchalik bilan ma'lum qattiq uzunliklarga o'rnatiladi. Demak, bu bo'shliqlar va ularning uzunligidagi noaniqliklar genomlardagi funktsional elementlarning haqiqiy fazoviy munosabatlarini va etishmayotgan ma'lumotlarning haqiqiy hajmini tushunishda muammolarni keltirib chiqaradi. Ba'zida bo'shliqlar etishmayotgan genomik ma'lumotni ko'rsatadi.
Contig va Scaffold o'rtasidagi o'xshashliklar qanday?
- Contig va iskala - bu nukleotid ketma-ketliklaridan tashkil topgan genomik ketma-ketliklar.
- Iskalalar kontig va boʻshliqlardan iborat.
Contig va Scaffold o'rtasidagi farq nima?
Kontig - ketma-ketlik fragmentlari to'plamidan yig'ilgan uzluksiz ketma-ketlik. Bundan farqli o'laroq, iskala kontiglarni bir-biriga bog'lash orqali qayta tiklangan genomik ketma-ketlikning bir qismidir. Shunday qilib, bu contig va iskala o'rtasidagi asosiy farq. Bundan tashqari, kontiglarda bo'shliqlar yo'q, iskaladagi kontiglar esa bo'shliqlar bilan ajratilgan.
Quyida infografikada kontig va iskala oʻrtasidagi koʻproq farqlar keltirilgan.
Xulosa – Contig va Scaffold
Ham kontig, ham iskala butun genom sekvensiyasi loyihalarida qayta tiklangan nukleotidlar ketma-ketligidir. Contig - bu bo'shliqlarsiz A, C, G va T asoslarini o'z ichiga olgan genomik ketma-ketlikning uzluksiz cho'zilishi. Iskala - bu kontiglar va bo'shliqlardan iborat genomik ketma-ketlik. Shunday qilib, eng qisqa yig'ish komponentlari kontiglar, iskalalar esa kontiglar yig'indisidir. Nihoyat, iskala butun genom ketma-ketligida xromosomalarga yig'iladi. Shunday qilib, bu kontig va iskala o'rtasidagi farqni umumlashtiradi.
