Asosiy farq – SDS sahifasi va mahalliy sahifa
SDS va mahalliy sahifa molekulyar biologiyada qoʻllaniladigan ikki turdagi poliakrilamid gel elektroforez usullaridir. SDS Page va Native Page o'rtasidagi asosiy farq ishlatiladigan poliakrilamid jel turidir. SDS sahifasida denaturatsiya qiluvchi jel ishlatiladi, shuning uchun molekulalar molekulyar og'irligiga qarab ajratiladi. Bundan farqli o'laroq, Native Page-da denaturatsiya qilmaydigan jellar qo'llaniladi. Shuning uchun molekulalar hajmi, zaryadi va shakliga qarab ajratiladi.
Poliakrilamid jeli Elektroforez (sahifa) akrilamid monomerlarini metilenbisakrilamid bilan polimerlash orqali olingan jeldan foydalanadi. Poliakrilamid agarozaga qaraganda qattiqroq va issiqlikka bardoshli. Poliakrilamid jellari oqsillarni samarali ajratish imkonini beruvchi kichikroq teshik hajmiga ega. Sahifa sozlamalarining ikkita asosiy turi mavjud: SDS Page va Native Page. SDS Page yoki natriy-dodesil sulfat poliakrilamid gel elektroforezi oqsillarni molekulyar og'irliklariga qarab ajratadi. SDS sahifasida denaturatsiya qiluvchi jellar qo'llaniladi. Native Page denaturatsiya qilmaydigan jellardan foydalanadi va oqsillarni hajmi, zaryadi va shakliga qarab ajratadi (3D moslashuv).
SDS sahifasi nima?
SDS sahifasi oqsillarni molekulyar og'irligiga qarab ajratish uchun ishlatiladigan eng keng tarqalgan elektroforetik usuldir. Jel yuvish vositasi bo'lgan SDS (natriy dodesil sulfat) qo'shilishi bilan tayyorlanadi. SDS protezlar oqsillarni monomerlarga aylantiradi. SDS - bu anion yuvish vositasi. Shuning uchun u keng pH diapazonidagi oqsillarga aniq manfiy zaryad qo'shadi. Protein molekulalariga aniq manfiy zaryad berilganda, zaryadning o'zgarishi tufayli murakkab tuzilmalar parchalanadi. Salbiy zaryad tufayli oqsillar ijobiy tomonga tortiladi. Shunday qilib, molekulyar og'irligi past bo'lgan molekulalar jel matritsasida tezroq harakatlanadi va ularni anodga yaqin joyda kuzatish mumkin, yuqori molekulyar og'irlikdagi oqsillar esa quduqlarga yaqinroq kuzatiladi.
01-rasm: SDS sahifasi
SDS ning polipeptid zanjiriga ulanishi uning nisbiy molekulyar massasiga proportsionaldir. Shuning uchun molekulyar massani SDS sahifasi orqali ham aniqlash mumkin. SDS Page jellarini bo'yash bromofenol ko'k bo'yash orqali amalga oshiriladi. SDS sahifasining qo'llanilishi nisbiy molekulyar massani baholash va oqsil aralashmasidagi oqsillarning nisbiy ko'pligini aniqlash uchun ishlatilishi mumkin bo'lgan kengroq darajada. SDS Page dan oqsillar aralashmasidagi oqsil taqsimotini aniqlash uchun ham foydalanish mumkin. SDS sahifasi oqsillarni tozalash va baholash uchun ham qo'llaniladi. U western blotting va gibridizatsiya uchun dastlabki protsedura sifatida ishlatiladi, bu esa o'z navbatida oqsillarni xaritalash va identifikatsiyalash uchun ishlatiladi.
Native Page nima?
Native Poliakrilamid gel elektroforezi (Native Page) denaturatsiya qilmaydigan jeldan foydalanadi. Shuning uchun jel matritsaga SDS yoki boshqa denaturatsiya qiluvchi vosita qo'shilmaydi. Native Pageda oqsillarni ajratish oqsilning zaryadi va hajmiga asoslanadi. Shuning uchun oqsilning harakatchanligi oqsilning zaryadi va hajmiga bog'liq.
Oqsilning zaryadi aminokislotalarning yon zanjirlariga bog'liq. Yon zanjirlar manfiy zaryadlangan bo'lsa, oqsil umumiy manfiy zaryad oladi va aksincha. Proteinlar sodir bo'ladigan katlama tufayli 3D konformatsiyasini saqlab qoladi. Katlama oqsillardagi disulfid aloqalari, hidrofobik o'zaro ta'sirlar va vodorod aloqalari kabi bir nechta bog'lanish turlaridan kelib chiqadi. Shuning uchun, agar mahalliy Page neytral pH da olib borilsa, oqsillar oqsilning molekulyar shakliga qarab ajratiladi. Shuning uchun Native Page dan oqsil zaryadi yoki moslashuvi o'zgarishini aniqlash uchun sezgir usul sifatida foydalanish mumkin.
Native Page ning asosiy afzalligi shundaki, Sahifa tahlili uchun ishlatiladigan oqsilni Sahifa tahlilidan keyin asl holatiga qaytarish mumkin, chunki jarayon davomida oqsil buzilmaydi. Native Page nisbatan yuqori o‘tkazuvchanlik texnikasi bo‘lib, oqsilning barqarorligi oshiriladi.
02-rasm: Mahalliy sahifa
Jelni ishlatish tugagandan so'ng Native Page gelini bromofenol ko'k yoki boshqa mos bo'yash reagenti bilan bo'yash orqali ko'rish mumkin. Native Page ilovalari kislotali oqsillarni, shu jumladan inson rekombinant eritropoetini kabi glikoproteinlarni ajratish yoki sigir zardobida (BSA) mavjud bo'lgan oqsillarni aniqlashni o'z ichiga oladi.
SDS sahifasi va mahalliy sahifa oʻrtasidagi oʻxshashliklar qanday?
- SDS Page va Native Page tizimlari jelning matritsasi sifatida poliakrilamid jeldan foydalanadi.
- Ikkalasi ham oqsillarni ajratish va aniqlash uchun ishlatiladi.
- Ikkalasi ham birikmalarni ajratish uchun elektroforetik harakatchanlikdan foydalanadi.
- Ikkalasini ham vertikal yoki gorizontal usulda bajarish mumkin (asosan vertikal sahifa sozlamalari sifatida amalga oshiriladi, chunki yugurish uzunligi kattaroqdir).
- Jel idishi, taroqlar, quvvat manbai, shu jumladan elektroforez apparati ikkala texnikaning ishlashi uchun zarur.
- Jelni vizualizatsiya qilish ikkala texnikada ham bo'yash usullari bilan amalga oshirilishi mumkin.
SDS sahifasi va mahalliy sahifa oʻrtasidagi farq nima?
SDS sahifa va mahalliy sahifa |
|
| SDS Page yoki Natriy-dodecylsulfat Page oqsillarni molekulyar og'irligiga qarab ajratadi va u denaturatsiya qiluvchi jeldan foydalanadi. | Native Page denaturatsiya qilmaydigan jellardan foydalanadi va oqsillarni hajmi, zaryadi va shakli (3D konformatsiyasi) asosida ajratadi. |
| Jel turi | |
| SDS-sahifasida denaturatsiya qiluvchi jel ishlatiladi. | Bosh sahifada denaturatsiya qilmaydigan jel ishlatiladi. |
| SDS mavjudligi | |
| SDS SDS sahifasida namunaga manfiy zaryad berish uchun yuvish vositasi sifatida mavjud. | SDS asosiy sahifada mavjud emas. |
| Ajratish asosi | |
| Oqsillarni ajratish SDS sahifasidagi oqsilning molekulyar og'irligiga bog'liq. | Ajratish mahalliy sahifadagi oqsil molekulasining hajmi va shakliga bogʻliq. |
| Proteinning barqarorligi | |
| SDS sahifasida oqsilning barqarorligi past. | Oqsilning barqarorligi mahalliy sahifada yuqori. |
| Asl oqsilni qayta tiklash | |
| Bu mumkin emas, chunki SDS sahifasida denatüratsiya qilingan. | Asosiy sahifada mumkin. |
Xulosa – SDS sahifasi va mahalliy sahifa
SDS Page va Native Page - oqsillarni ajratish uchun ishlatiladigan ikki turdagi Poliakrilamid gel elektroforez usullari. SDS Page SDS deb nomlangan yuvish vositasi bilan ishlanadi. SDS oqsilga umumiy manfiy zaryad beradi, bu esa oqsilning denaturatsiyasiga olib keladi. Shuning uchun oqsillar molekulyar og'irligiga qarab ajratiladi. Bundan farqli o'laroq, Native Page texnikasi hech qanday denaturatsiya qiluvchi vositadan foydalanmaydi. Shunday qilib, oqsillar hajmi yoki shakliga qarab ajratiladi. Bu SDS sahifasi va mahalliy sahifa o'rtasidagi farq.
